01这条线报什么
RNA 修饰 RIP 测序是用抗体（或酶学手段）把带修饰的片段富集下来、再测序比较的一类路线。它给出的是区段层面的富集图谱：哪些转录本、哪些区域上有修饰，以及不同样本之间这个分布的变化。
因此它适合先筛：样本量大、候选未知时，用富集路线把范围收窄，再把候选区段放到单碱基路线上定位与定量。富集倍数不等于修饰比例，抗体本身也有结合偏好，这两点决定了它不适合直接当作位点级结论。
本组的方法分两类：抗体免疫沉淀（MeRIP 类、acRIP、O8G-IP、Ψ-RIP、hMeRIP），以及不经过抗体的富集路线（如 m6Am-Exo-Seq 的核酸外切酶处理）。页面里会写明每条路线到底走不走抗体。
029 条富集路线
按修饰类型排列，每条方法都按同一套结构展开：服务优势、背景与检测原理、实验流程、生物信息分析与交付、研究应用、常见问题与参考文献。
03与单碱基路线怎么配合
两条线回答的不是同一个问题，配合起来才完整：
| 阶段 | 走哪条线 | 拿到什么 |
|---|---|---|
| 先缩小范围 | RIP 富集（本页） | 哪些转录本与区段需要继续分析 |
| 再定位与定量 | 单碱基修饰测序 | 具体位点位置与修饰比例 |
富集路线把范围收窄，单碱基路线把位点定下来 —— 先用哪条，取决于样本量和问题的新鲜度。Garcia-Campos M A. et al., Cell 2019 · DOI 10.1016/j.cell.2019.06.013
04服务范围与交付
多数路线提供 mRNA、或 mRNA 与 lncRNA 两种转录本范围；具体到每条方法见对应页面。
通用交付内容
- 原始测序数据（FASTQ）与配对的 Input 文库数据（如方法设有对照）。
- 质控报告，含比对文件与核心比对统计。
- 富集区段表（XLSX）：区段坐标、宿主基因与富集倍数。
- 富集图谱与分布图（PDF/PNG）。
- 差异富集分析表、功能富集报告与基因组浏览器轨道文件。
05常见问题
RIP 路线能给出具体的修饰位点吗？
不能。它给的是区段层面的富集分布；要位点位置与修饰比例，需要另走单碱基路线。两条线常常是配合使用的。
富集倍数能当修饰比例用吗？
不建议。富集倍数反映的是抗体把该片段拉下来的效率，受抗体亲和力与片段长度影响，不等于该位点的修饰比例。
为什么一定要配 Input 对照？
Input 给出同一批样本未富集时的背景。没有对照，富集信号无法与背景区分，也就无法判断哪些区段是真信号。
样本量大的项目怎么设计？
这正是这条线的强项：可以先按分组做富集测序，筛出变化明显的区段，再挑代表性样本走单碱基路线确认。
这组里有没有不走抗体的路线？
有。例如 m6Am-Exo-Seq 用核酸外切酶处理实现富集，不经过抗体免疫沉淀；它归在这一组是因为路线同为先富集再测序，页面上会写明这一点。