假尿嘧啶 Ψ & Inosine RNA单碱基测序

一次化学转化同时把两种修饰读出来：2-溴丙烯酰胺特异作用于 Ψ、使它被读作 C，肌苷被读作鸟苷。两类信号各成通道，分别给出位点与修饰比例。

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概述服务优势背景与检测原理实验流程生物信息分析研究应用常见问题参考文献

01这项服务报告什么

BACS-seq 是一条化学转化的双修饰测序路线：2-溴丙烯酰胺特异性作用于假尿嘧啶，使它在逆转录中被读作 C，肌苷被读作鸟苷，一次转化即可在单碱基分辨率上同时定位并定量 Ψ 与肌苷两种修饰。

我们把这条路线做成从样本到数据的完整流程：RNA 样本质检、化学转化与文库构建、上机测序、生物信息分析。每个位点都会注释到参考转录组，给出基因组坐标、宿主基因与所在功能区域。

服务提供三种可报告范围 —— mRNA、mRNA 与 lncRNA、以及 rRNA。rRNA 位点按参考 rRNA 坐标单独注释，可判读范围取决于 Ψ 与肌苷在 rRNA 上的丰度与测序覆盖。

02服务优势

双修饰并行读出：同一次转化同时报告 Ψ 与肌苷，两种修饰不必拆成两个实验。
双通道区分：Ψ 被读作 C、肌苷被读作鸟苷，两类信号在数据层面可以独立判读，互不混淆。
各自的位点级修饰比例：每种修饰分别给出单碱基分辨率下的修饰比例，两条通道的定量互不干扰。
无抗体化学法：不依赖 Ψ 或肌苷抗体，回避交叉反应与富集偏倚。
样本利用率高：一份 RNA 投入同时产出两种修饰的图谱，适合材料有限的样本。
注释完备：每个位点给出基因组坐标、宿主基因与功能区域归属。

可选转录本范围

mRNA｜mRNA 与 lncRNA｜rRNA

03背景与检测原理

Ψ 与肌苷都会改变逆转录的读出，但两者在序列上的表现并不相同。把两种信号放到同一次转化里拿到，既能省下一份样本，也避开了两次实验之间的批间差异。

BACS-seq 用 2-溴丙烯酰胺实现这一点：试剂特异作用于假尿嘧啶，使它在逆转录中被读作 C；肌苷本身被读作鸟苷。两类信号在比对结果里各自成通道，分别换算成单碱基分辨率下的修饰比例，整条路线不使用抗体。同一流程也能覆盖长链非编码 RNA，让 mRNA 与 lncRNA 上的 Ψ 与肌苷在同一次实验里并行分析。

BACS-seq 同时检测 Ψ 与肌苷的原理示意 — **图 1。**BACS-seq 检测原理。2-溴丙烯酰胺特异性作用于假尿嘧啶、使其在逆转录中被读作 C，肌苷被读作鸟苷，一次转化同时给出 Ψ 与肌苷两套单碱基位点。

把位点级定量与碱基分辨率接在一起，人类转录组里 Ψ 的图景被完整铺开。Xu H et al., Nature Methods 2024 · DOI 10.1038/s41592-024-02439-8

04实验流程

从样本到 Ψ 与肌苷两套单碱基数据共五步：

**图 2。**BACS-seq 实验流程，从 RNA 样本到 Ψ 与肌苷两套单碱基数据的五个环节。

05生物信息分析与交付

比对完成后分两路判读：一路按特异性转化特征读出 Ψ，一路按 A→G 的差异读出肌苷，两条通道各自换算修饰比例。下游给出 motif 与 metagene 分布、组间差异与功能富集，并配套基因组浏览器轨道文件。

交付内容

Ψ 与 I mRNA 测序原始数据文件（FASTQ），可直接提交 GEO/SRA 等公共数据库。
样本与测序质控报告，含排序建索引的 BAM 比对文件及核心比对统计。
高置信度单碱基 Ψ 与 I 位点表（XLSX），含基因组坐标、宿主基因与化学计量。
单碱基 Ψ 与 I 转录本特征分布图与 motif 一致性分析图（PDF/PNG）。
位点级 Ψ 与 I 差异分析表（XLSX），含组间倍数变化与显著性统计。
Ψ 与 I 修饰基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
基因组浏览器可视化文件（bigWig/bedGraph）与结构化项目报告。

06研究应用

双修饰图谱：在同一批样本上并行绘制 mRNA 与 lncRNA 的 Ψ 与肌苷位点图谱。
编辑事件读出：把肌苷信号直接当作 A-to-I 编辑的读出，追踪编辑位点与编辑水平。
翻译与稳定性：比较 Ψ 与肌苷对同一转录本的翻译效率、转录本稳定性各自的贡献。
疾病标志物：在疾病与对照之间分别筛选两种修饰的差异位点。
功能读数说明：翻译效率、转录本半衰期、蛋白或表型等功能读数由研究方或合作平台完成，不在本门户服务清单内。

07常见问题

2-溴丙烯酰胺为什么能同时区分 Ψ 和肌苷？

试剂只对假尿嘧啶发生特异反应，改写了它在逆转录中的读出；肌苷的读出方式不由这套反应决定，仍按自身的特征被识别。两条读出通路互不覆盖，所以能在同一份数据里分开判读。

两种修饰的定量会不会互相干扰？

不会。Ψ 走转化特征通道；肌苷走 A→G 的差异通道，两类信号在比对层面就分开了，各自的修饰比例由自己通道内的 reads 比例换算。

肌苷信号能直接当作编辑事件来读吗？

可以作为直接读出。肌苷是 A-to-I 编辑的产物，它的位点与比例反映编辑发生的位置和程度；若要区分编辑事件与基因组本身的 A/G 差异，需要结合参考基因组信息判断。

一份 RNA 同时做两种修饰，会不会牺牲灵敏度？

转化与建库共用同一份材料，测序深度按两种修饰的判读需求一起确定；相比分两次实验，共用材料反而减少了样本之间的差异来源。

mRNA、lncRNA 与 rRNA 的位点能不能一起比较？

要分开注释再比较。mRNA 与 lncRNA 可以在同一次实验里并行分析，rRNA 位点按参考 rRNA 坐标单独报告。rRNA 能保留多少位点，取决于 Ψ 与肌苷的丰度以及测序覆盖。

08参考文献

Xu H, Kong L, Cheng J, et al. Absolute quantitative and base-resolution sequencing reveals comprehensive landscape of pseudouridine across the human transcriptome. Nature Methods 2024;21(11):2024-2033. DOI 10.1038/s41592-024-02439-8
Dai Q, Zhang LS, Sun HL, et al. Quantitative sequencing using BID-seq uncovers abundant pseudouridines in mammalian mRNA at base resolution. Nature Biotechnology 2023;41(3):344-354. DOI 10.1038/s41587-022-01505-w