01路线与分辨率
大多数关于修饰检测的问题最终会落到两件事上：这条路线能报到哪一层，以及手上的材料适合走哪一条。这一页回答最常被问到的那几个，每一种方法的具体流程在对应的服务页上。
答案依赖具体流程时，这里会直接说明，而不是给一个笼统的结论。凡是需要针对某个具体样品判断的，建议在项目沟通里先确认，因为同一类样品在不同路线上的可做程度并不一样。
| 常被问到的问题 | 答案落在哪一类读数上 |
|---|---|
| 修饰落在哪个碱基上 | 单碱基路线：给出一个位置，以及该位置上带修饰分子的比例 |
| 哪些转录本带修饰 | 富集路线：给出转录本或区段层面的富集分布 |
| 一组样本里哪条修饰变了 | 芯片或富集路线：给出跨样本的可比读数 |
| 某段 RNA 里这个修饰有多少 | 组成学测量：给出比例，但不给位置 |
| 修饰变化和表型有没有关系 | 需要额外一类功能读数，与修饰数据在同一批材料上配对 |
02研究设计上的几个口径
- 筛查和位点级是两步，不是两个版本。筛查把样本或转录本收敛到一小批，位点级再把它们解到碱基；两步最好用同一批 RNA，否则筛选结论与定量结论对不上。
- 两侧读数要来自同一批材料。修饰、表达、翻译或表型的测量都随取材与处理移动，跨批次拼起来得到的是两个结果，而不是一次比较。
- 表达量要在下面垫着。转录本总量变了，修饰信号也会跟着动，这两件事用一份数据同时看更省事。
- 生物学重复比技术重复重要。同组内不同个体之间本来就有差异，单一个体看不出变化来自处理还是来自个体。
- 要因果就加一次扰动。改变写入或擦除酶、或改掉位点本身，才能把修饰驱动的效应与伴随修饰出现的效应分开。
03结果回来之后怎么读
先看分辨率，再看结论。同一份报告里出现的几类读数，单位往往不同：一个是位置上的水平，一个是转录本层面的富集，还有一个可能是区段的读数。把它们放在一句话里表达之前，先确认这句话说的是哪一类。
其次看趋势是不是来自同一批样本内部。如果某组样品之间本身就分散，那么在解读条件间差异之前，先判断分散有多大。多数需要进一步讨论的情形，都可以带着报告一起沟通，而不是自己先猜一遍。
在写结论之前先确认那句话的分辨率，比事后补一次实验省得多——页面上写出来的每个具体口径，最后都会变成对结果的要求。Garcia-Campos M A. et al., Cell 2019 · DOI 10.1016/j.cell.2019.06.013
04常见问题
哪些路线能报到单个碱基，哪些只能给区段分布？
单碱基路线给出修饰所在的具体位置，以及该位置上带修饰分子的比例。富集路线给出修饰在转录本或区段上的分布，不能解到单个碱基；芯片给出的是跨一批转录本的修饰读数，同样不定位。只有第一类结果能支撑关于某个具体位点的结论。
筛查路线和位点级路线能放在同一个项目里吗？
可以，这也是常见安排。筛查先把样本或转录本收敛到一批候选，位点级再对这批候选做碱基分辨率的测量。两步可以用同一批 RNA 串起来，这样筛选结论与定量结论之间才有对应关系。
同一批材料能同时读两种修饰吗？
能，前提是两个测量从一开始就一起计划。有的组合经由同一套化学从一个文库里一起读出，有的则是同一批样本上的两个实验。两种设计共享的东西不同，能被比较的范围也不同，这在多修饰研究设计那篇技术文章里展开过。
富集倍数能不能当作修饰比例来读？
不能。富集倍数同时受抗体亲和力、片段长度与转录本丰度影响，它适合比较同一区段在不同样本之间的相对变化。修饰比例需要能给出每个位置水平的路线来测。
修饰数据要怎么和翻译或表型读数配对？
两侧要取自同一批材料，而且修饰侧要读到能与另一侧对齐的分辨率。如果结论落在某个位点上，修饰数据就必须是位置级的；翻译、表型这一类读数由研究者自己的平台或合作平台完成，本门户提供的是修饰侧的数据。