假尿嘧啶 Ψ RNA 修饰 RIP 测序（Ψ-RIP-Seq）
假尿嘧啶是尿苷换了连接方式之后的形态 —— 碱基没变，只是结构转了。抗体把带 Ψ 的片段富集出来测序，给出转录本与区段层面的分布。
01这项服务报告什么
假尿嘧啶的特殊之处在于它的化学改变很小：尿苷变成了异构体，碱基还是那个碱基，与腺嘌呤的配对也照常发生。常规逆转录测序读出来的序列和尿苷没有区别，这是为什么读 Ψ 必须换一种方式 —— 要么先富集，要么先做化学改造。
这条路线走的是先富集：给出分布与组间差异，不缩到单个碱基、也不给修饰比例。需要位点与比例时，交给化学法的单碱基路线。
02服务优势
- 读出化学上「看不出来」的修饰：异构化不改变配对行为，抗体路线绕开了这个限制。
- 不做碱基改造：样本只经过片段化与富集，不引入强酸或强氧化条件。
- 适合低占比的转录本范围：mRNA 上的 Ψ 含量远低于 tRNA，先富集能把信号从背景里抬出来。
- 输入对照配套：未富集的一份同时测序，用来区分真正的富集与丰度造成的假象。
- 与化学法路线互补：化学法负责位点与比例，这条线负责先看分布、判断值不值得往下做。
可选转录本范围
mRNA｜mRNA 与 lncRNA03背景与检测原理
Ψ 在 tRNA 与 rRNA 上的含量很高，在 mRNA 上则低得多。做转录本范围的比较时，这一点值得留意：不同 RNA 组分对信号的贡献不一样，样本制备方式会影响你看到的是哪一层的 Ψ。
抗体富集的流程与其他富集路线一致：片段化之后，识别 Ψ 的抗体捕获带修饰的片段，未修饰片段被洗掉，富集产物与输入对照分别建库测序，比较覆盖深度找出被抬高的区段。抗体结合有偏好，所以结论停在区段层面 —— 要位点，走化学法单碱基路线。
04实验流程
从 RNA 样本到区段富集图谱，见下图。
05生物信息分析与交付
两组文库分别比对后，逐区段比较覆盖深度，输出候选富集区段并做注释与组间差异分析。统计以区段为单位；交付里同时写明这条路线不定位到单个碱基。
交付内容
- 富集与输入对照两套文库的原始测序数据（FASTQ）。
- 质控报告与比对文件（BAM），含核心比对统计。
- 候选富集区段表（XLSX）：区段坐标、注释基因与富集倍数。
- 区段覆盖分布图（PDF/PNG）。
- 组间差异富集表（XLSX）与功能富集报告。
- 项目说明文档：读数含义与适用边界。
06研究应用
- 先摸分布：在决定做位点级实验之前，先看 Ψ 的整体分布落在哪些转录本与区段上。
- 条件比较：比较不同处理或状态下 Ψ 分布的差异，为后续机制研究挑对象。
- 与翻译读数并读：把富集变化与同一批样本的翻译效率变化放在一起看趋势。
- 方法衔接：用富集结果圈定范围，再交给化学法单碱基路线读出位点与比例。
07常见问题
为什么 Ψ 不能直接用常规测序读出来？
因为它是尿苷的异构体：碱基没换、配对行为也没变，逆转录读出来的序列和尿苷完全一样，序列里不含这条线索。
那这条路线和化学法单碱基路线是什么关系？
互补关系。抗体富集先给出分布（哪些转录本与区段），化学法再在这些范围内读出具体位点与修饰比例。
抗体有结合偏好，会不会影响结论？
会有影响，所以结论停在区段层面。判断某个区段是否真的富集，要结合输入对照一起看。
tRNA 上的高丰度 Ψ 会不会干扰转录本范围的检测？
这是一个需要在设计阶段就考虑的问题：不同 RNA 组分对信号贡献不同，样本制备方式会影响看到的是哪一层。具体做法我们会在确认项目时一并说明。
样本量大的项目适合先做这条线吗？
适合。它的颗粒度粗、成本相对低，适合先在大样本里筛出有差异的组，再挑代表性样本做位点级实验。
08参考文献
- Schwartz S, Bernstein D A, Mumbach M R, et al. Transcriptome-wide mapping reveals widespread dynamic-regulated pseudouridylation of ncRNA and mRNA. Nature 2014;505(7481):143–146. DOI 10.1038/nature13802