01四条服务线
RNA 修饰检测是在 RNA 分子上定位化学修饰、并给出修饰比例的一类分析。按「要位点还是要丰度、要单分子还是多分子类型」，分成下面四条路线。
02按研究目的选路线
先把问题定在一句话上，路线基本就出来了：
| 研究目的 | 走哪条线 | 这一线报什么 |
|---|---|---|
| 要知道某个位点有没有修饰、有多少 | 单碱基修饰测序 | 位点位置与修饰比例（部分方法给出位点级化学计量） |
| 要先在多组样本里筛出变化 | RNA 修饰 RIP 测序 | 区段层面的富集，不解析到单个碱基 |
| 要看多种 RNA 分子的修饰水平 | RNA 修饰芯片 | 修饰水平，不定位到单碱基 |
| 要看糖基化 RNA | GlycoRNA 整体检测 | 群体丰度与大小分布；另有芯片与测序两条路线 |
先定问题再定方法 —— 同一份 RNA 上，「有没有」和「在哪个位点、有多少」是两套答案。Garcia-Campos M A. et al., Cell 2019 · DOI 10.1016/j.cell.2019.06.013
03服务范围与交付
多数服务提供两种转录本范围 —— 只做 mRNA，或把 mRNA 与 lncRNA 放在同一次实验里分析；具体到每条方法，见对应页面的服务信息。
通用交付内容
- 原始测序数据（FASTQ），可直接提交 GEO/SRA 等公共数据库。
- 样本与测序质控报告，含比对文件与核心比对统计。
- 结果表（XLSX）：位点或区段、坐标、宿主基因与修饰水平/富集。
- 分布图、motif 或富集图谱（PDF/PNG）。
- 差异分析表、功能富集报告与基因组浏览器轨道文件。
04常见问题
我该从哪条线开始？
先看问题要不要位点。要位点或比例，直接走单碱基；只是先看整体变化，可以先走 RIP 富集或芯片，再把候选放到单碱基路线上。
同一次实验能同时看 mRNA 与 lncRNA 吗？
多数方法可以。两条转录本范围在同一次实验里一起分析，不需要拆成两个项目。
样本类型有什么限制？
接受从细胞、组织、血液等来源提取的总 RNA，也接受培养细胞沉淀与冷冻组织样本；制备方式是否合适可以提前与技术支持确认。
多条路线能不能组合？
可以，而且经常是有必要的：富集或芯片负责缩小范围，单碱基路线负责定位与定量。能不能一次读多种修饰，取决于各方法的前处理是否兼容，需要按样本评估。
结果怎么和已有组学数据对齐？
结果表带基因组坐标与宿主基因，便于与转录组、翻译组或芯片结果对齐；具体组合方式可以按研究问题讨论。