ac⁴C RNA单碱基测序（RedaC:T-seq）

还原型 RedaC-T 转化仅作用于乙酰化胞苷，把它记录成可判读的特征信号，与未修饰胞苷清楚分开 —— 每个 ac⁴C 位点的位置和修饰比例一并读出。

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概述服务优势背景与检测原理实验流程生物信息分析研究应用常见问题参考文献

01这项服务报告什么

RedaC:T-seq 是一条基于还原型转化的 ac⁴C 测序路线：RedaC-T 化学选择性作用于乙酰化胞苷，把它记录成可判读的特征信号，同时与未修饰胞苷区分开，从而在单碱基分辨率上定位并定量每个 ac⁴C 位点。

我们把这条转化路线做成从样本到数据的完整流程：RNA 样本质检、文库构建、上机测序与生物信息分析。每个位点都会注释到参考转录组，给出基因组坐标、宿主基因与所在功能区域。

服务提供三种可报告范围 —— mRNA、mRNA 与 lncRNA、以及 rRNA。rRNA 位点按参考 rRNA 坐标单独注释，可判读范围取决于 ac⁴C 在 rRNA 上的丰度与测序覆盖。

02服务优势

还原型转化读出：RedaC-T 化学把乙酰化胞苷转成可判读的特征，与未修饰胞苷清楚区分，不必使用亚硫酸氢盐那样的强酸条件。
位点级定量：转化信号直接换算成每个 ac⁴C 位点的修饰比例，而不是区域富集强度。
无抗体读出：不依赖 ac⁴C 抗体，回避免疫沉淀的交叉反应、批间波动与 motif 偏好。
修饰与功能直连：ac⁴C 与转录本稳定性、翻译效率及基因调控的关系可以在位点层面解析。
转录本注释完备：每个位点给出基因组坐标、宿主基因，以及编码区与非翻译区的功能区域归属。

可选转录本范围

mRNA｜mRNA 与 lncRNA｜rRNA

03背景与检测原理

抗体富集路线把 ac⁴C 的分析停在片段上：分辨率受片段长度限制，抗体结合的偏好也会进入结果。要在编码区与非翻译区之间分辨位点，需要一种直接读碱基的办法。

RedaC:T-seq 用还原型 RedaC-T 转化做到这一点。化学选择性作用于乙酰化胞苷，把它记录成可判读的特征；未修饰胞苷不被同样处理，比对时两者分开，每个位点的位置与修饰比例因此落到位点上。同一套流程也能覆盖长链非编码 RNA，让 mRNA 与 lncRNA 上的 ac⁴C 在同一次实验里一起看清。

RedaC:T-seq 检测 ac4C 的原理示意 — **图 1。**RedaC:T-seq 检测原理。还原型 RedaC-T 转化选择性作用于乙酰化胞苷，把它记录为可判读的特征信号，与未修饰胞苷区分开，从而给出每个 ac⁴C 位点的位置与修饰比例。

ac⁴C 参与哺乳动物翻译起始的调控，是翻译层面上的一条表观转录组通路。Arango D et al., Molecular Cell 2022 · DOI 10.1016/j.molcel.2022.05.016

04实验流程

从样本到单碱基 ac⁴C 数据共五步：

**图 2。**RedaC:T-seq 实验流程，从 RNA 样本到单碱基 ac⁴C 数据的五个环节。

05生物信息分析与交付

reads 比对到参考转录本后，识别 RedaC-T 转化特征，在单核苷酸分辨率上换算每个位点的 ac⁴C 修饰比例；分析覆盖 motif 特征、metagene 分布、差异修饰、功能富集与基因组浏览器可视化。

交付内容

原始 ac⁴C mRNA 测序数据文件（FASTQ），格式可直接提交 GEO/SRA 等公共数据库。
样本质控与测序质控报告，含排序并建索引的 BAM 比对文件与核心比对统计。
高置信度单碱基 ac⁴C 位点注释表（XLSX），含基因组坐标、宿主基因与定量结果。
单碱基 ac⁴C 转录本特征分布图与一致性 motif 分析图（PDF/PNG）。
单碱基分辨率差异 ac⁴C 分析表（XLSX），含倍数变化与显著性统计。
ac⁴C 修饰基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
兼容基因组浏览器的可视化文件（bigWig/bedGraph）与完整的项目分析报告。

06研究应用

位点级图谱：在 mRNA 与 lncRNA 上绘制 ac⁴C 位点图谱，建立修饰基线。
翻译与稳定性：把位点级 ac⁴C 水平与翻译效率、转录本半衰期变化关联。
编码区与 UTR：比较 CDS、5′/3′ UTR 与剪接邻近区域之间修饰分布的差异。
疾病标志物：在疾病与对照之间筛选差异修饰位点，缩小候选验证范围。
功能读数说明：翻译效率、转录本半衰期、蛋白或表型等功能读数由研究方或合作平台完成，不在本门户服务清单内。

07常见问题

RedaC:T 转化和亚硫酸氢盐转化有什么区别？

亚硫酸氢盐转化读的是胞苷是否被甲基化，依赖酸性条件；RedaC-T 属于还原型转化，选择性作用于乙酰化胞苷，把它记录成特征信号，条件也更温和，同时与未修饰胞苷区分开。

位点级的 ac4C 比例是怎么算出来的？

转化完成后，同一位点上带特征信号的 reads 与不带特征的 reads 之比，就是该位点 ac⁴C 的修饰比例，给出的是位点级而不是区域级的定量。

不依赖抗体的读出，相比抗体法强在哪？

抗体法先富集片段再测序，分辨率受片段长度限制，还带着抗体自身的结合偏好。RedaC:T-seq 转化的是碱基本身，不经过抗体，也不容易把经典 motif 之外的位置系统性漏掉。

ac4C 落在编码区还是 UTR？能分开看吗？

可以。每个位点都会注释到参考转录本，标明它落在 CDS、5′/3′ UTR 还是剪接邻近区域，区域之间的分布差异可以逐类比较。

mRNA、lncRNA 与 rRNA 的位点能不能一起比较？

要分开注释再比较。mRNA 与 lncRNA 可以在同一次实验里并行分析，rRNA 位点按参考 rRNA 坐标单独报告。rRNA 能保留多少位点，取决于 ac⁴C 的丰度与测序覆盖。

08参考文献

Arango D, Sturgill D, Yang R, et al. Direct epitranscriptomic regulation of mammalian translation initiation through N4-acetylcytidine. Molecular Cell 2022;82(15):2797-2814. DOI 10.1016/j.molcel.2022.05.016
Sinclair WR, Arango D, Shrimp JH, et al. Profiling cytidine acetylation with specific affinity and reactivity. ACS Chemical Biology 2017;12(12):2922-2926. DOI 10.1021/acschembio.7b00734

ac4C RNA单碱基测序（RedaC:T-seq）