ac4C RNA 修饰 RIP 测序（acRIP-Seq）
用 ac4C 抗体把含修饰的片段富集下来再测序，报告修饰在哪些转录本、哪些区段上富集 —— 这是区段层面的图谱，位点定位需要另走单碱基路线。
01这项服务报告什么
这条路线不解析到单个碱基。它回答的是「修饰富集在哪些转录本与区段」，适合先建立全转录组的印象；要进一步问位点在哪里、修饰比例多少，需要把圈出来的候选区段交给单碱基路线。
服务提供两种转录本范围 —— 只做 mRNA，或把 mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）放进同一次实验一起分析。
02服务优势
- 抗体特异富集：用 ac4C 抗体捕获含修饰的片段，把测序信号集中到修饰富集的区段上。
- 区段层面的图谱：结果直接回答「哪些转录本、哪些区段富集了修饰」，适合作为全转录组筛选的第一步。
- 低丰度更友好：先富集再测序抬高了目标片段的占比，丰度偏低的目标更容易被读到。
- 对照齐全：配合输入对照判断哪些区段是真正富集的，减少把背景当成信号的判断失误。
- 与单碱基路线衔接：富集结果可以圈定候选区段，再由单碱基路线把位点与比例定下来。
可选转录本范围
mRNA｜mRNA 与 lncRNA03背景与检测原理
ac4C 影响转录本的翻译效率与稳定性。要在全转录组范围先看清它的分布，抗体富集是一条直接的入口：把带修饰的片段挑出来，让测序把注意力放在这些片段上。
acRIP-Seq 正是这样做的：抗体捕获含 ac4C 的片段，随后建库测序，比对后在区段层面计算富集程度。判读这类结果要记住两点 —— 抗体本身有结合偏好，富集倍数不等于该位置的修饰比例；被捕获的片段也没有把修饰缩到单个碱基。所以这条路线给出的结论停在「哪些转录本、哪些区段富集了修饰」这一层。
04实验流程
从 RNA 样本到区段富集图谱的流程见图 2。判读时请把区段富集强度与输入对照放在一起看：抗体富集给出的是相对富集，不是修饰的绝对水平。
05生物信息分析与交付
reads 比对到参考转录本后，按区段计算富集程度并与输入对照比较，得到富集区段表。分析内容覆盖区段在转录本上的分布、区段序列的 motif 特征、组间差异富集与相关基因的功能富集。
交付内容
- ac4C RIP 测序原始数据文件（FASTQ），格式可直接提交 GEO/SRA 等公共数据库。
- 样本与测序质控报告，含比对后的 BAM（已排序建索引）与核心比对统计。
- 富集区段表（XLSX）：区段坐标、所在转录本、富集强度与输入对照比较结果。
- 区段在转录本上的分布图与区段序列 motif 分析图（PDF/PNG）。
- 组间差异富集分析表（XLSX），含倍数变化与显著性统计。
- 富集区段对应基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
- 基因组浏览器可视化文件（bigWig/bedGraph）与完整的项目分析报告。
06研究应用
- 全局分布：先看清 ac4C 在 mRNA 与 lncRNA 上富集在哪些转录本和区段。
- 候选区段圈定：把富集区段作为候选，交给单碱基路线做更细的确认。
- 组间对比：比较处理与对照之间富集区段的变化，找出响应修饰的转录本。
- 功能关联：把富集区段对应的基因与翻译、稳定性通路放在一起解读。
07常见问题
这条路线能给出位点级结果吗？
不能。acRIP-Seq 是抗体富集路线，结论落在区段层面，回答修饰富集在哪些转录本与哪些区段；位点定位与修饰比例需要另走单碱基路线。
抗体富集倍数能当作修饰比例吗？
不能。富集倍数反映的是有多少片段被抗体抓住，抗体自身的结合偏好也会进入这个数字。它适合用来排序候选区段，不适合当作修饰比例。
为什么还要配输入对照？
富集区段是相对输入对照算出来的。没有对照，就分不清哪些信号来自修饰富集、哪些来自转录本本身的丰度差异。
富集到的区段能直接做功能富集吗？
可以。区段会注释到对应的基因与转录本，再做功能富集，得到的是「哪些通路的相关转录本带富集修饰」这一层结论。
只做 mRNA 还是也做 lncRNA？
两种范围都可以：只做 mRNA，或把 mRNA 与 lncRNA 放进同一次实验一起分析。
08参考文献
- Arango D, Sturgill D, Alhusaini N, et al. Acetylation of cytidine in mRNA promotes translation efficiency. Cell 2018;175(7):1872-1886. DOI 10.1016/j.cell.2018.10.030
- Arango D, Sturgill D, Yang R, et al. Direct epitranscriptomic regulation of mammalian translation initiation through N4-acetylcytidine. Molecular Cell 2022;82(15):2797-2814. DOI 10.1016/j.molcel.2022.05.016