O8G RNA 修饰 RIP 测序（O8G-IP-Seq）
用识别 8-氧代鸟嘌呤的抗体把含氧化修饰的片段富集下来再测序，报告氧化修饰在哪些转录本、哪些区段上富集 —— 结论落在区段层面。
01这项服务报告什么
这条路线不解析到单个碱基，也不给出修饰比例。它回答的是「氧化修饰富集在哪些转录本与区段」，适合在氧化应激相关的研究里先建立范围；要问具体位置，需要另找能逐碱基判读的路线。
服务提供两种转录本范围 —— 只做 mRNA，或把 mRNA 与长链非编码 RNA（lncRNA）放进同一次实验一起分析。
02服务优势
- 针对氧化修饰：抗体识别 8-氧代鸟嘌呤本身，把测序信号集中到发生氧化修饰的片段上。
- 氧化应答的读出：把处理与对照之间的富集区段差异摆在一起，看出哪些转录本对氧化应激有响应。
- 低丰度更友好：先富集再测序提升了目标片段占比，氧化修饰比例不高的样本也更容易读到信号。
- 对照齐全：配合输入对照把背景扣掉，避免把高丰度转录本的常规信号误读成氧化富集。
- 结论边界清楚：交付内容明确标注结果落在区段层面，不会把它当成位点级的修饰定量。
可选转录本范围
mRNA｜mRNA 与 lncRNA03背景与检测原理
RNA 上的鸟嘌呤在氧化条件下会被氧化成 8-氧代鸟嘌呤（o8G）。它一方面被看作氧化损伤的产物，另一方面也被当作一种可被读取的修饰，与转录本的稳定性、翻译效率联系在一起。
O8G-IP-Seq 用特异性抗体富集含 o8G 的片段，再对这些片段测序，比对后在区段层面计算富集程度。与所有抗体富集路线一致，结论停在「哪些转录本与区段富集了氧化修饰」这一层：富集倍数受抗体结合偏好影响，不等于修饰比例，也没有把修饰缩到单个碱基。
04实验流程
从 RNA 样本到区段富集图谱的流程见图 2。判读时请把富集区段与输入对照一起看：抗体路线给出的是相对富集程度，它适合筛选范围，不适合当作修饰含量。
05生物信息分析与交付
reads 比对到参考转录本后，按区段计算富集程度并与输入对照比较，得到富集区段表。分析内容覆盖区段在转录本上的分布、区段序列的 motif 特征、组间差异富集与相关基因的功能富集。
交付内容
- o8G RIP 测序原始数据文件（FASTQ），格式可直接提交 GEO/SRA 等公共数据库。
- 样本与测序质控报告，含比对后的 BAM（已排序建索引）与核心比对统计。
- 富集区段表（XLSX）：区段坐标、所在转录本、富集强度与输入对照比较结果。
- 区段在转录本上的分布图与区段序列 motif 分析图（PDF/PNG）。
- 组间差异富集分析表（XLSX），含倍数变化与显著性统计。
- 富集区段对应基因的功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
- 基因组浏览器可视化文件（bigWig/bedGraph）与完整的项目分析报告。
06研究应用
- 氧化应答范围：看氧化处理或病理条件下，哪些转录本与区段出现氧化修饰富集。
- 对照比较：把疾病与对照样本的富集区段差异列出来，锁定与氧化损伤相关的转录本。
- 与表达关联：把富集区段对应基因与表达、稳定性表现放在一起解读。
- 候选筛选：用区段富集结果圈出候选，再决定是否用其他路线做更细的判读。
07常见问题
氧化修饰在 RNA 上常见吗，为什么值得专门测？
它由氧化条件诱导产生，与转录本的稳定性、翻译表现相关。在氧化应激相关的研究里，先看清哪些转录本受影响，比只看总量指标更能说明问题出在哪里。
这条路线能给出位点级结果吗？
不能。O8G-IP-Seq 是抗体富集路线，结论落在区段层面，给出的是修饰富集在哪些转录本与区段。
富集强度的差异能直接比较不同样本吗？
可以比较，但要带着前提：同一套抗体、同一批实验条件下，富集强度的相对变化反映的是结合片段的多少。跨批次比较需要输入对照与重复样本一起评估。
抗体是否会影响氧化修饰的判读？
抗体的结合偏好会影响哪些片段被捕获，所以富集倍数要理解为相对信号，而不是修饰比例。这也是我们坚持配套输入对照的原因。
只做 mRNA 还是也做 lncRNA？
两种范围都可以：只做 mRNA，或把 mRNA 与 lncRNA 放进同一次实验一起分析。
08参考文献
- Hahm JY, Park J, Jang ES, Chi SW. 8-Oxoguanine: from oxidative damage to epigenetic and epitranscriptional modification. Experimental & Molecular Medicine 2022;54(10):1626-1642. DOI 10.1038/s12276-022-00822-z