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NGS测序技术服务 环状DNA测序(eccDNA测序) |
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核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC-seq |
蛋白表达定量 Label free非标定量 TMT标记定量 PRM靶向定量 |
RNC-circRNA芯片(以及lncRNA芯片)与Ribo-seq在研究目的上不同,它们之间没有竞争关系。RNC-circRNA/lncRNA芯片用于鉴定正进行翻译的RNA转录本,特别是对于circRNA、lncRNA而言,能否进行翻译比翻译效率高低更加重要[1];而Ribo-seq用于检测mRNA密码子使用频率、以及与RNA-seq联合用于检测基因的翻译效率[2]。因此RNC联合circRNA、lncRNA芯片有其独特的研究方向和应用优势,并且在客户样本量较低时,也更适合选择RNC联合芯片实验。
在翻译组学中,mRNA与circRNA、lncRNA这些非编码RNA的研究侧重方向是不同的,对于mRNA而言,因为mRNA的翻译能力、翻译产物已被鉴定过,没必要重复验证,所以mRNA在翻译水平上的研究重心在于检测基因翻译效率的高低。
但对于circRNA、lncRNA而言,“能否进行翻译比翻译效率高低更加重要”,作为被普遍认为不具有编码功能的RNA分子,它们的翻译能力研究比ceRNA机制、表观修饰等常见思路更加新颖,且这些ncRNA编码的蛋白质能参与更复杂的表观调控、使它们的功能更全面。因此对circRNA、lncRNA的功能研究来说是一种从0到1的进步[3],而此时翻译效率的高低只是对翻译能力的一个延伸,对刚刚起步的circRNA、lncRNA翻译研究来说,就没有这么大的意义了[4]。
我司RNC联合芯片实验与Ribo-seq的比较表格:
希望以上文章能帮助您根据您的研究目的做出正确的选择。
参考文献:
1. Lu, S., et al., Understanding the proteome encoded by "non-coding RNAs": new insights into human genome. Sci China Life Sci, 2020. 63(7): p. 986-995.
2. Jia, X., et al., Protein translation: biological processes and therapeutic strategies for human diseases. Signal Transduct Target Ther, 2024. 9(1): p. 44.
3. Lei, M., et al., Translation and functional roles of circular RNAs in human cancer. Molecular Cancer, 2020. 19(1): p. 30.
4. Wang, Y., et al., Expanding uncapped translation and emerging function of circular RNA in carcinomas and noncarcinomas. Mol Cancer, 2022. 21(1): p. 13.