服务优势
- 覆盖多种修饰：平台可覆盖数十种修饰碱基，具体清单随方案确认（不同样本类型与起始材料能检出的种类会有差异）。
- 丰度定量：给出各修饰碱基在样本中的相对丰度，适合比较处理前后的整体变化。
- 不依赖序列比对：质谱直接检测分子本身，不受参考序列完整性的限制。
- 与测序互补：测序定位、质谱定量，两条证据链互相印证。
- 流程规范：前处理与检测在同一流程下完成，批次之间可比。
背景介绍
LC-MS tRNA 修饰检测是一种以液相色谱-质谱联用为基础的修饰分析方法。tRNA 被酶解为单个核苷后进入质谱，按各修饰核苷的质荷比与保留时间进行识别，并给出相对丰度，用于描述样本的修饰谱整体格局。
tRNA 是修饰密度最高的 RNA 类别之一，甲基化、假尿嘧啶化、乙酰化等多类修饰共同参与结构维持与功能调控。整体修饰水平的变化，往往先于位点层面的改变被观察到。
与测序相比，质谱不依赖逆转录读出，因此不受修饰阻碍逆转录这一固有限制的影响；代价是它不提供位点位置信息。两者分工明确，组合使用最合理。
tRNA 修饰谱会随外界胁迫改变，并参与以密码子偏好性为基础的翻译调控——要看清这类变化，需要能在系统层面定量多种修饰的方法。 Su D, et al. Quantitative analysis of ribonucleoside modifications in tRNA by HPLC-coupled mass spectrometry. Nature Protocols 2014;9(4):828-841. PMID: 24625781
实验流程
样本质检RNA 完整性与纯度
tRNA 富集分离目标 RNA
酶解处理消化为单个核苷
LC-MS 检测色谱分离与质谱识别
数据解析修饰丰度定量
数据分析
修饰定量
给出各修饰核苷的相对丰度数据表，支持组间比较。
总离子流分析
提供总离子流图等原始数据视图，便于核对峰形与保留时间是否正常。
结果呈现
以数据表配合图形化结果呈现修饰谱整体格局，数据表可直接用于后续统计。
研究应用
- 修饰谱整体定量：一次性了解样本中各类修饰碱基的丰度分布。
- 与测序互补：用质谱的丰度数据校验测序得到的位点信息。
- 修饰酶研究：结合修饰酶表达或突变数据，分析修饰水平变化。
- 处理效应评估：比较药物或条件处理前后修饰谱的整体改变。
- 样本类型适配：细胞、组织等样本均可开展，方案阶段确认可检范围。
- 多平台组合：与 tRNA 测序、单碱基修饰测序组合，形成完整证据链。
常见问题
能检测多少种修饰？
平台可覆盖数十种修饰碱基，具体清单随检测方案提供。之所以不给一个固定数字，是因为不同样本类型与起始材料能检出的修饰种类本身会有差异——方案阶段我们会按您的样本情况确认可检测范围。
质谱结果和测序结果怎么配合？
两者回答的问题不同：质谱给出某类修饰在全样本中的总丰度，测序给出修饰落在哪个位点。常见做法是用测序定位、用质谱定量，两者的结论相互印证。如果只做其中一种，结论的证据强度会弱一些。
为什么质谱不提供位点信息？
质谱把 tRNA 酶解为单个核苷后检测，得到的是"有哪些修饰核苷、各有多少"，分子层面的位置信息在酶解过程中丢失了。要拿到位点数据，需要依赖测序类方法。
结果包含哪些内容？
提供各修饰碱基的丰度数据表与相应图形化展示，并附方法与参数说明；同时提供总离子流图等原始数据视图，便于核对检测质量。
参考文献
- [1] Su D, et al. Quantitative analysis of ribonucleoside modifications in tRNA by HPLC-coupled mass spectrometry. Nature Protocols 2014;9(4):828-841. DOI: 10.1038/nprot.2014.047. PMID: 24625781