产品优势
- 覆盖完整：人版覆盖 185 个数据库收录与新近文献报道的 tRF&tiRNA；小鼠版覆盖从 tRFdb 中挑选的 88 个常见片段。
- 聚焦有依据的片段：检测对象以数据库收录与文献报道为依据，不是无差别铺满。
- 引物经验证：所有引物均经过设计、优化与验证，减少批次间波动。
- 操作简便：标准 qPCR 板设计，直接使用，无需预先扩增。
- 特异性可区分前体：配套 cDNA 合成试剂盒后，可区分 tRF&tiRNA 与其前体 tRNA 及其他小 RNA。
- 可与其他平台互验：芯片结果可与 tRF&tiRNA 测序、qPCR 验证相互对照。
背景介绍
nrStar™ tRF&tiRNA PCR 芯片是针对 tRNA 来源小 RNA 的表达谱芯片产品，覆盖 tRF 与 tiRNA 片段。tRF 与 tiRNA 由精确调控的生物发生过程产生，参与 RNA 干扰、靶向 mRNA 稳定性调节、应激颗粒组装与细胞凋亡等多种生物学过程。
tRF 与 tiRNA 是 tRNA 经精确切割产生的非编码小 RNA，参与 RNA 干扰、靶向 mRNA 的稳定性调节、应激颗粒组装与细胞凋亡等过程，也作为表观遗传因子在世代间传递。
这类片段的组成与含量随细胞类型和病理状态变化，在生物体液中广泛存在、含量高于 miRNA，因此被看作候选分子标志物；但片段之间序列重叠、长度接近，定量时需要能区分前体的检测手段。
对 50 多个 small RNA 文库的荟萃分析显示，tRF 是精确产生的片段，存在于从细菌到人的各个物种，并且不是由 miRNA 生成通路产生的。 Kumar P, et al. BMC Biology 2014;12:78. PMID: 25270025
产品设计
检测范围
人版覆盖 185 个 tRF&tiRNA，小鼠版覆盖 88 个 tRF，均以 qPCR 板形式提供，直接上机。
产品列表
| 芯片 | 货号 | 规格 | 描述 |
|---|---|---|---|
| nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR Array | AS-NR-002-1 | 384-well (2*192) / plate | 检测 185 个数据库收录和新近文献报道的人 tRF&tiRNA |
| nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR Array (Roche Light Cycler 480) | AS-NR-002-1-R | 384-well (2*192) / plate | 适配 Roche Light Cycler 480 |
| nrStar™ Mouse tRF PCR Array | AS-NR-002M-1 | 384-well (4*96) / plate | 检测从 tRFdb 数据库中挑选的 88 个新近常见的小鼠 tRFs |
| nrStar™ Mouse tRF PCR Array (Roche Light Cycler 480) | AS-NR-002M-1-R | 384-well (4*96) / plate | 适配 Roche Light Cycler 480 |
完整列表：185 个 tRF / tiRNA（点击展开）
| 类别 | 编号 |
|---|---|
| tRF-1 | 1001, 1003, 1004, 1005, 1006, 1007, 1010, 1012, 1013, 1015, 1020, 1025, 1026, 1027, 1028, 1029, 1030, 1031, 1032, 1033, 1035, 1036, 1037, 1038, 1039, 1040, 1041, 1042 |
| tRF-3 | 3002B, 3004B, 3006B, 3031B, 3033A, 3030A, 3030B, 3002A, 3003A, 3003B, 3006A, 3008A, 3008B, 3009B, 3011/12A, 3016/18/22B, 3017A, 3017B, 3019/20/21B, 3026B, 3027/28B, 3019A, 3020/21A, 3022A, 3026/27/28A, 3029A, 3031A |
| tRF-1 | 1001, 1003, 1004, 1005, 1006, 1007, 1010, 1012, 1013, 1015, 1020, 1025, 1026, 1027, 1028, 1029, 1030, 1031, 1032, 1033, 1035, 1036, 1037, 1038, 1039, 1040, 1041, 1042 |
| tRF-3 | 3002B, 3004B, 3006B, 3031B, 3033A, 3030A, 3030B, 3002A, 3003A, 3003B, 3006A, 3008A, 3008B, 3009B, 3011/12A, 3016/18/22B, 3017A, 3017B, 3019/20/21B, 3026B, 3027/28B, 3019A, 3020/21A, 3022A, 3026/27/28A, 3029A, 3031A |
| tRF-1 | 1003, 1006, 1008, 1009, 1010, 1015, 1016, 1019, 1020, 1026, 1035 |
| tRF-3 | 3001b, 3002a/3035a, 3003a, 3004b, 3005a, 3006a, 3009a, 3009b, 3010a, 3010b/3017b, 3011a, 3011b, 3012b, 3017a, 3017b/3010b, 3019a, 3019b/3020b, 3021a, 3023b, 3024b/3046b, 3025a, 3025b, 3026a, 3027a, 3028b/3029b, 3029a, 3030a, 3031a, 3031b, 3032a, 3032b, 3033a, 3033b, 3034a, 3036a, 3036b/3037b, 3038a, 3038b, 3039a, 3041b/3042b, 3043a, 3043b, 3044a, 3044b, 3045a, 3046a, 3047b, 3048a, 3050a, 3051a, 3052a |
| tRF-5 | 5001a/5001b/5010a, 5002b/5004b, 5005a/5006b, 5005b, 5006a, 5006c, 5007a, 5009a, 5009b, 5011a, 5011b/5012b, 5012b, 5013a, 5013b, 5013b/5017b/5018b, 5014a, 5014a/5015a, 5014b, 5016a, 5019a, 5019b, 5020b/5021a, 5022a, 5022b, 5023b/24b Database |
常用 tRNA 来源片段数据库：
| 数据库 | 网址 |
|---|---|
| tRFdb | http://genome.bioch.virginia.edu/trfdb/ |
| MINTbase | https://cm.jefferson.edu/MINTbase/ |
操作流程
按标准 qPCR 流程操作：将 cDNA 与 qPCR Master Mix 混合后加入芯片，无需预先扩增。
为保证区分 tRF&tiRNA 与其前体并获得更好的检测特异性，需配套使用 rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit（3′ and 5′ adaptor，cat # AS-FS-003）。
适用的 qPCR 仪：ABI ViiA™ 7、ABI 7500 / 7500 FAST、ABI 7900HT、ABI QuantStudio™ 6 / 7 / 12K Flex；Bio-Rad CFX96 / CFX384；Roche LightCycler 480 / 480 II；Agilent Mx3000P / Mx3005P；Stratagene Mx3000P / Mx3005P；Eppendorf Realplex；QIAGEN Rotor-Gene Q。
数据分析
芯片给出各 tRF&tiRNA 的相对表达量，支持组间比较与差异筛选。
配套的 Analysis Tool 可直接用于数据整理，输出结果可继续用于统计与作图，也便于与 tRF&tiRNA 测序或 qPCR 验证结果对照。
研究应用
- 表达谱筛选：在较多样本中比较 tRF&tiRNA 的表达差异，锁定候选片段。
- 应激与疾病相关研究：观察应激或病理状态下片段组成的变化。
- 体液标志物探索：这类片段在体液中含量高于 miRNA，可作为候选标志物进一步验证。
- 与测序互验：对测序发现的候选片段做独立定量复核。
- 前体干扰控制：用能区分前体的引物，避免把 tRNA 前体计入片段表达。
- 多平台组合：与成熟 tRNA 检测、tRF&tiRNA 测序组合，从来源与加工两个层面描述。
相关资料
常见问题
芯片能检测多少个 tRF&tiRNA？
人版覆盖 185 个数据库收录与新近文献报道的 tRF&tiRNA，小鼠版覆盖从 tRFdb 中挑选的 88 个常见片段，均以 qPCR 板形式提供。
为什么要配套 cDNA 合成试剂盒？
tRF&tiRNA 与前体 tRNA、pre-tRNA 共享序列，按常规流程难以区分。配套的 rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit 通过 3′ 与 5′ 接头把目标片段与背景分开，也是保证检测特异性的前提。
结果能否与测序结果对照？
可以。芯片与测序给出的都是相对表达量，趋势上可相互验证；常见做法是先用芯片在较大样本中筛选，再用测序对关键样本或关键片段做进一步分析。
对 qPCR 仪有要求吗？
芯片为标准的 384 孔 qPCR 板设计，常见机型均可使用，包括 ABI ViiA™ 7、ABI 7500 / 7500 FAST、ABI 7900HT、ABI QuantStudio™ 6 / 7 / 12K Flex；Bio-Rad CFX96 / CFX384；Roche LightCycler 480 / 480 II；Agilent Mx3000P / Mx3005P；Stratagene Mx3000P / Mx3005P；Eppendorf Realplex；QIAGEN Rotor-Gene Q。
参考文献
- 1. Anderson P. and P. Ivanov (2014) "tRNA fragments in human health and disease." FEBS Lett. 588(23):4297-304 [PMID: 25220675] 2. Telonis, A. G. et al. Dissecting tRNA-derived fragment complexities using personalized transcriptomes reveals novel fragment classes and unexpected dependencies. Oncotarget 6, 24797-24822, DOI: 10.18632/oncotarget.4695 (2015). [PMID: 26325506].
- 3. Olvedy, M. et al. A comprehensive repertoire of tRNA-derived fragments in prostate cancer. Oncotarget, DOI: 10.18632/oncotarget.8293 (2016). [PMID: 27015120].
- 4. Schageman, J. et al. The complete exosome workflow solution: from isolation to characterization of RNA cargo. BioMed research international 2013, 253957, DOI: 10.1155/2013/253957 (2013). [PMID: 24205503].
- 5. Dhahbi, J. M. et al. 5' tRNA halves are present as abundant complexes in serum, concentrated in blood cells, and modulated by aging and calorie restriction. BMC genomics 14, 298, DOI: 10.1186/1471-2164-14-298 (2013). [PMID: 23638709].
- 6. Kumar, P., Mudunuri, S. B., Anaya, J. & Dutta, A. tRFdb: a database for transfer RNA fragments. Nucleic acids research 43, D141-145, DOI: 10.1093/nar/gku1138 (2015). [PMID: 25392422].
- Olvedy, M. et al. A comprehensive repertoire of tRNA-derived fragments in prostate cancer.
- Oncotarget, DOI: 10.18632/oncotarget.8293 (2016). Selitsky SR, Baran-Gale J, Honda M, Yamane D, Masaki T, Fannin EE, et al. Small tRNA-derived RNAs are increased and more abundant than microRNAs in chronic hepatitis B and C. Scientific reports 2015;5:7675. Wang Q, Lee I, Ren J, Ajay SS, Lee YS, Bao X. Identification and functional characterization of tRNA-derived RNA fragments (tRFs) in respiratory syncytial virus infection. Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy 2013;21:368-79.