服务优势
- 针对性的前处理：按脱氨基、去磷酸化、末端磷酸化三步处理，把末端修饰和碱基修饰一起清掉，解决接头连接与逆转录两个卡点。
- 检出更完整：前处理到位才能如实反映片段组成，尤其是修饰密度高的片段。
- 覆盖多类小 RNA：除 tRF 与 tiRNA 外，同时给出 miRNA、piRNA、sdRNA 的表达与差异分析。
- 注释体系完整：片段按来源 tRNA 与类型归类，便于判断它来自 tRNA 的哪一段。
- 与成熟 tRNA 数据呼应：可与 tRNA 测序组合，观察来源分子与加工片段之间的对应关系。
背景介绍
tRF&tiRNA 测序是一种面向 tRNA 来源小 RNA 的表达谱检测方法。它在建库前对片段做专项前处理，去除妨碍接头连接与逆转录的末端修饰和碱基修饰，再经高通量测序获得各片段的表达量、差异与注释信息。
现有研究显示，tRF 与 tiRNA 可以 microRNA 的方式参与 RNA 干扰、结合蛋白因子调节靶 mRNA 稳定性、与细胞色素 C 互作影响凋亡，也可以作为表观遗传因子在世代间传递信息。
由于这些片段序列短、与来源 tRNA 高度相似，且常带修饰，检测方案对前处理的要求比一般 small RNA 更高——处理不到位，结果就失真。
tRNA 来源片段在物种间广泛存在，并在不同生物学过程中承担多种功能，是 tRNA 除翻译之外的一类作用形式。 Su Z, Wilson B, Kumar P, Dutta A. Annual Review of Genetics 2020;54:47-69. PMID: 32841070
实验流程
样本质检RNA 完整性与纯度
前处理脱氨基 / 去磷酸化 / 末端磷酸化
文库构建接头连接与扩增
高通量测序按项目规模配置
数据分析注释 / 表达 / 差异
生物信息分析
基础分析
包含测序质量评估、数据预处理、基因组比对，以及 tRF 与 tiRNA 的注释、表达与差异分析。
小 RNA 联合分析
同时给出 miRNA 等其它小 RNA 的表达谱与差异结果，便于在同一批样本中横向比较。
靶基因预测
对候选片段做靶基因预测，为后续功能验证提供方向。
研究应用
- 功能研究：比较不同生理状态下 tRF 与 tiRNA 的表达变化。
- 疾病方向：在肿瘤、心血管等方向寻找候选片段标志物。
- 与 miRNA 联合：同一次实验中比较 tRF 与 miRNA 的表达谱。
- 与成熟 tRNA 组合：观察来源分子与加工片段的关系。
- 样本类型：细胞、组织、血液等样本均可开展。
- 后续验证：对关键片段可用 tRF&tiRNA-qPCR 做独立复核。
常见问题
为什么不能直接用常规 small RNA 建库？
这类片段带有多种碱基修饰与特异的末端修饰：碱基修饰会阻碍逆转录进行，末端修饰则让接头难以连接。两者叠加会造成明显的检出缺失与定量偏差，因此需要针对性的前处理。
前处理具体做了哪三步？
依次是脱氨基（去掉 3′ 端氨基酸）、去磷酸化（把 3′ 端环磷酸转为羟基）、末端磷酸化（补上可连接接头的磷酸基团）。三步处理完成后进入常规建库流程，接头连接效率与 cDNA 产出都会明显改善。
可以同时看 miRNA 吗？
可以。除 tRF 与 tiRNA 外，结果中还包含 miRNA、piRNA、sdRNA 等小 RNA 的表达与差异分析，便于在同一批样本中比较不同类型小 RNA 的变化。
结果包含哪些内容？
包含原始数据、片段注释与表达定量结果、差异分析结果，以及 miRNA 等小 RNA 的联合分析结果。片段按来源与类型归类，便于判断它在 tRNA 上的来源位置。
参考文献
- [1] Su Z, Wilson B, Kumar P, et al. Noncanonical roles of tRNAs: tRNA fragments and beyond. Annual Review of Genetics 2020;54:47-69. DOI: 10.1146/annurev-genet-022620-101840. PMID: 32841070