服务优势
- 读通型逆转录：工程化酶可以读通 m¹A 而不在此处截断，紧密折叠的 tRNA 位点同样可判读。
- 保守位点定量：错配比例直接给出第 9、14、58 位等保守位点的 m¹A 水平。
- 抗体无关：回避抗体对 tRNA 紧密结构的捕获困难与非特异结合。
- 翻译保真度读出：m¹A 对氨酰化与解码准确性的调控可在位点层面追踪。
- 动态变化敏感：可捕捉应激条件下保守位点 m¹A 的增减幅度。
背景介绍
m1A-Quant-seq利用工程化逆转录酶读通 tRNA 中的 m¹A 位点并产生可重复的突变特征，把该位点的突变比例换算为修饰化学计量，从而在单碱基分辨率上定量 m¹A。
处在保守位置的 N1-甲基腺苷（例如第 9、14、58 位核苷酸）可稳定 L 形折叠，并调控氨酰化与翻译保真度。位点的丢失或增加会扰乱翻译过程，在发育缺陷与肿瘤表型中都有报道。
抗体捕获策略在这里不好用：分辨率偏粗，而 tRNA 结构紧密、抗体难以均匀接近各个位点。m1A-Quant-seq 换了一条路——借助可耐受 m¹A 的工程化逆转录酶读通修饰碱基，同时留下可重复的错配，错配比例就是该位点的 m¹A 水平。
通过定向进化筛选出的逆转录酶，会在遇到特定修饰时留下突变，把修饰位点转成可读的测序特征；作者以 m¹A 为对象建立并验证了这一平台。 Zhou H, et al. Nature Methods 2019;16(12):1281-1288. PMID: 31548705
实验流程
tRNA 富集从总 RNA 中富集 tRNA
片段化按测序读长片段化
背景对照设置对照校正背景
逆转录读通 m¹A 留下错配
测序与分析位点判定与化学计量
生物信息分析
位点鉴定与定量
面向 tRNA 的分析在单碱基分辨率上定位 m¹A、给出单位点化学计量并标记差异修饰。每个位点归属到参考 tRNA 库，附反密码子、isodecoder、isoacceptor 与结构域信息。
分布与富集分析
结果以表格、分布与 motif 图以及可直接加载到浏览器的可视化文件提供，并对携带 m¹A 的 tRNA 宿主基因做功能富集分析。
交付内容
- 原始 tRNA m¹A 测序数据（FASTQ），可用于数据仓库提交。
- 样本与测序质控报告，含排序后的 BAM 比对文件与比对统计。
- 高置信度单碱基 m¹A 位点表（XLSX），含坐标、tRNA 身份与 m¹A 化学计量。
- tRNA 特征分布图与 m¹A 一致性 motif 分析图（PDF/PNG）。
- 差异 m¹A 分析表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
- 携带 m¹A 的 tRNA 宿主基因功能富集分析报告（HTML/PDF/PNG）。
- 基因组浏览器轨道（bigWig/bedGraph）及结构化项目报告。
研究应用
- 翻译保真度：把保守位点的 m¹A 水平与氨酰化效率、解码准确性关联。
- 应激响应：追踪应激或营养变化下 tRNA m¹A 的动态增减。
- tRNA 稳定性：把 m¹A 水平与 L 形折叠稳定性、tRNA 周转关联起来。
- 癌症与发育：绘制肿瘤或发育程序相关 isoacceptors 上的 m¹A 变化图谱。
- 宿主基因富集：对携带 m¹A 的 tRNA 宿主基因做功能富集，寻找通路线索。
- 多修饰联合：与 m⁷G、Ψ、Nm 等方法组合，观察同一批样本中的修饰协同变化。
常见问题
m1A-Quant-seq 给出的是定性还是定量结果？
给出位点水平的定量结果。m¹A 在逆转录时会造成特征性的停顿与错配，通过统计读通与受阻两类信号的比例，可以换算出每个位点的修饰百分比。方法覆盖第 9、14、58 位等保守位点，也能报告其他位点。
为什么不用抗体富集？
抗体捕获对 tRNA 这类折叠紧密的分子存在分辨率偏粗、位点可及性不一致的问题。m1A-Quant-seq 直接依赖酶学读通，位点判定来自错配比例，不引入抗体亲和力带来的偏差。
报告里会给出哪些内容？
包括原始 reads、质控与比对报告、含 tRNA 注释与化学计量的单碱基 m¹A 位点表、分布与 motif 图、差异修饰表与宿主基因富集分析，以及项目报告。
适合哪些样本类型？
推荐使用纯化总 RNA，也可以为您提供 RNA 提取服务。样本采集后建议尽快低温保存、避免反复冻融；具体准备方式可参照送样指南，或寄送前与我们确认。
参考文献
- [1] Zhou H, Rauch S, Dai Q, et al. Evolution of a reverse transcriptase to map N1-methyladenosine in human messenger RNA. Nature Methods 2019;16(12):1281-1288. DOI: 10.1038/s41592-019-0550-4
- [2] Li X, Xiong X, Zhang M, et al. Base-resolution mapping reveals distinct m1A methylome in nuclear- and mitochondrial-encoded transcripts. Molecular Cell 2017;68(5):993-1005. PMID: 29107537
- [3] Kvolik Pavić A, Čonkaš J, Mumlek I, et al. Clinician's Guide to Epitranscriptomics: An Example of N1-Methyladenosine (m1A) RNA Modification and Cancer. Life 2024;14(10):1230. DOI: 10.3390/life14101230. PMID: 39459530
- [4] Pajdzik K, Lyu R, Dou X, et al. Chemical manipulation of m1A mediates its detection in human tRNA. RNA 2024;30(5):548-559. DOI: 10.1261/rna.079966.124. PMID: 38531647