服务优势
- 抗体富集灵敏度：免疫沉淀富集含 m³C 的 tRNA 片段，提高弱位点检出率。
- 位点级读出：富集之后做转化读出，在单碱基水平记录修饰核苷酸。
- 低丰度样本友好：先富集再测序，适合 tRNA 修饰丰度偏低的样本。
- 结构域解析：m³C 对 tRNA 结构与解码的影响可在位点层面追踪。
- 与化学切割互补：可与无抗体的切割类方法交叉验证关键位点。
背景介绍
m3C-IP-Seq是一种以免疫沉淀富集为基础的 tRNA m³C 测序方法：先富集含 m³C 的片段，再由转化读出在单碱基分辨率上记录修饰核苷酸的位置。
m³C 常见于反密码子环第 32 位，直接影响密码子识别的精确性。位点丰度相对较低，信号容易被背景淹没，因此对检出灵敏度的要求比一般修饰更高。
免疫沉淀在这里的价值是把弱信号先集中起来：含 m³C 的片段被富集后再做转化读出，位点判定仍然落在单碱基上。抗体富集存在固有偏好，因此这条路线更适合用于筛查，关键位点可用化学切割类方法复核。
m3C-IP-seq 用抗体富集在单核苷酸分辨率上绘制 m³C 图谱，捕获 12 个细胞质与 2 个线粒体 tRNA isoacceptor，并可同时刻画 mRNA 与 lncRNA 上的 m³C 位点。 Gao Y, et al. Nucleic Acids Research 2025;53(5). PMID: 40071931
实验流程
样本质检RNA 完整性与纯度
m³C 免疫沉淀富集含 m³C 的片段
转化读出单碱基记录修饰位点
文库构建单碱基测序文库
测序与数据分析位点判定与定量
生物信息分析
位点鉴定与定量
读段比对到精选参考序列后判定转化特征，给出每个 m³C 位点的化学计量，并标注成熟 tRNA 相对坐标、基因归属、反密码子与结构域。
分布与 motif
汇总 m³C 在各类 tRNA 与各结构域上的分布，并做一致性 motif 统计。
交付内容
- 原始 m³C tRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。
- 含 BAM 比对文件与关键比对指标的质控报告。
- 高置信度单碱基 m³C 位点表（XLSX），含坐标、反密码子、isoacceptor 与化学计量。
- m³C 在 tRNA 各结构域的分布图与一致性 motif 分析图（PDF/PNG）。
- 组间差异修饰位点表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
- 兼容基因组浏览器的信号文件（bigWig/bedGraph）及结构化 tRNA 报告。
研究应用
- 富集定位：在成熟 tRNA 上定位 m³C 位点，重点覆盖弱修饰。
- 结构—功能关联：把位点级 m³C 与 tRNA 折叠稳定性、解码准确性关联起来。
- 与化学法互验：交叉确认无抗体方法提示的 tRNA m³C 位点。
- isoacceptor 比较：比较不同 isoacceptors 与 isodecoders 的 m³C 模式。
- 低丰度样本：在修饰丰度偏低的样本中，用富集提升弱位点的检出机会。
- 疾病相关：筛选应激或疾病状态下差异修饰的 tRNA m³C 位点。
常见问题
m3C-IP-Seq 采用抗体富集，会不会带来偏倚？
抗体富集确实存在固有偏好，这也是我们同时提供化学切割类方法的直接原因——两者互为补充：富集法擅长把丰度低、信号弱的位点拉出来，化学切割法则给出不依赖抗体的独立证据。实际项目中常见做法是先用富集法筛选，再用化学法复核关键位点。
m3C-IP-Seq 的结果精确到什么程度？
抗体富集先把低丰度的 m³C 片段拉出来，转化读出再把位置落到单个核苷酸。报告中的每个位点都带有定量值与位置信息，包括成熟 tRNA 相对坐标、反密码子与所属结构域。
报告里会给出哪些内容？
包括原始测序数据与比对质控报告、单碱基 m³C 位点表（含坐标、反密码子、isoacceptor 与化学计量）、结构域分布与 motif 图、组间差异位点表，以及可加载到基因组浏览器的信号文件。
适合哪些样本类型？
支持 total RNA、细胞、组织与血液等样本。样本采集后建议尽快低温保存、避免反复冻融；具体准备方式可参照送样指南，或寄送前与我们确认。
参考文献
- [1] Gao Y, Hou J, Wei S, et al. Transcriptome-wide mapping of N3-methylcytidine modification at single-base resolution. Nucleic Acids Research 2025;53(5). DOI: 10.1093/nar/gkaf153