服务优势
- 缺失特征读出：Ψ 抗亚硫酸氢盐脱氨，在成熟 tRNA 的每个 Ψ 位点留下单碱基缺失信号。
- 位点级定量：缺失比例换算为每个位点的 Ψ 绝对修饰水平。
- 不依赖抗体：判断依据来自缺失特征本身，不需要抗体参与，也就没有捕获偏好带来的位点间偏差。
- 经典位点一并覆盖：TΨC 环第 55 位的组成型 Ψ 与可变位点在同一分析中报告。
- 结构域解析：Ψ 对 L 形折叠与解码的稳定作用可在位点层面追踪。
背景介绍
BID-seq利用假尿嘧啶对亚硫酸氢盐脱氨的抗性检测 tRNA 上的 Ψ：未修饰胞苷被脱氨，Ψ 位点在逆转录中留下单碱基缺失特征，据此在单碱基分辨率上定位并定量 Ψ。
Ψ 是 tRNA 上最常见的修饰之一。TΨC 环上的经典位点对维持结构稳定至关重要，此外还有若干分布在不同结构域的可变位点，两类位点的功能含义不同，需要分开呈现。
亚硫酸氢盐是这套方法的切入点：它会把未修饰的胞苷脱氨，而 Ψ 对此有抗性。结果是每个 Ψ 位点都在逆转录产物中留下一个可识别的缺失，位点判定直接建立在这一特征上，不需要抗体参与。
BID-seq 用亚硫酸氢盐介导的反应，把假尿嘧啶按化学计量转成逆转录中的缺失，从而在单碱基分辨率上定位 Ψ 并给出化学计量。 Dai Q, et al. Nature Biotechnology 2023;41(3):344-354. PMID: 36302989
实验流程
样本质检RNA 完整性与纯度
亚硫酸氢盐处理Ψ 位点留下缺失特征
逆转录缺失特征转为读段信号
文库构建单碱基测序文库
测序与数据分析位点判定与定量
生物信息分析
位点鉴定与定量
读段比对到精选参考序列后判定缺失型特征，给出每个 Ψ 位点的化学计量，并标注成熟 tRNA 相对坐标、基因归属、反密码子与结构域。
分布与 motif
汇总 Ψ 在各类 tRNA 与各结构域上的分布，并做一致性 motif 统计，区分组成型位点与可变位点。
交付内容
- 原始 Ψ tRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。
- 含 BAM 比对文件与关键比对指标的质控报告。
- 高置信度单碱基 Ψ 位点表（XLSX），含坐标、反密码子、isoacceptor 与化学计量。
- Ψ 在 tRNA 各结构域的分布图与一致性 motif 分析图（PDF/PNG）。
- 组间差异修饰位点表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
- 兼容基因组浏览器的信号文件（bigWig/bedGraph）及结构化 tRNA 报告。
研究应用
- 解码保真度：在反密码子与摆动位点区域定位 Ψ，评估它对密码子识别的影响。
- 结构稳定性：把 TΨC 环等结构域的 Ψ 水平与 tRNA 折叠、周转关联起来。
- 氨酰化与翻译：将位点级 Ψ 与氨酰化状态和翻译效率关联。
- isoacceptor 比较：比较不同 isoacceptors 与 isodecoders 的 Ψ 修饰模式。
- 与 BACS-seq 互验：同一批样本可用化学标记法复核缺失特征法提示的关键位点。
- 疾病相关：筛选应激或疾病状态下差异修饰的 tRNA 位点。
常见问题
BID-seq 与 BACS-seq 都测 Ψ，两者有什么区别？
两者都走化学路线，区别在化学原理：BACS-seq 用 2-溴丙烯酰胺标记，使 Ψ 在逆转录中读作 C；BID-seq 用亚硫酸氢盐处理，利用 Ψ 的抗性产生缺失特征。同一批样本可以两种方法并行，结果互为印证。
Ψ 的定量结果是绝对水平还是相对水平？
给出的是位点水平的绝对修饰量（化学计量）：缺失比例换算为每个位点的 Ψ 水平，同一批样本内不同位点之间、以及重复样本之间都可以直接比较。方法覆盖 TΨC 环第 55 位等组成型位点，也能报告可变位点。
报告里会给出哪些内容？
包括原始测序数据与比对质控报告、单碱基 Ψ 位点表（含坐标、反密码子、isoacceptor 与化学计量）、结构域分布与 motif 图、组间差异位点表，以及可加载到基因组浏览器的信号文件。
适合哪些样本类型？
支持 total RNA、细胞、组织与血液等样本。样本采集后建议尽快低温保存、避免反复冻融；具体准备方式可参照送样指南，或寄送前与我们确认。
参考文献
- [1] Dai Q, Zhang LS, Sun HL, et al. Quantitative sequencing uncovers abundant pseudouridines in mammalian mRNA at base resolution. Nature Biotechnology 2023;41(3):344-354. DOI: 10.1038/s41587-022-01505-w