服务优势
- 化学转化读出：转化试剂选择性还原二氢尿苷，使其在逆转录中掺入胞嘧啶（C），与未修饰尿苷的读出结果区分开。
- 位点级定量：特征信号换算为每个 D 位点的修饰水平。
- 不依赖抗体：C 掺入信号由化学还原产生，不经过免疫沉淀，避免了抗体可及性造成的偏差。
- 覆盖经典 D 位点：覆盖第 16、17、20 位等经典二氢尿苷位点及其在 tRNA 中的结构角色。
- 折叠柔韧性读出：D 对环区局部构象的影响可在位点层面追踪。
背景介绍
CRACI-seq是一种在单碱基分辨率上定位 tRNA 二氢尿苷的方法。化学还原选择性处理 D，使其在逆转录中掺入胞嘧啶（C），而未修饰位点正常读取，据此定位并定量每个 D 位点。
D 集中在 D 环，对维持 tRNA 的 L 形折叠与整体稳定性有直接作用。它在常规测序流程中容易被误读，因此需要专门设计的转化条件才能稳定读出。
CRACI-seq 的做法是先用转化试剂选择性地修饰 D，再通过逆转录把这一修饰读成 C 掺入信号，未修饰位点不受影响。位点判定直接建立在 C 掺入信号上，不依赖抗体。
在 CRACI 之前，tRNA 上二氢尿苷的位点与化学计量一直缺少全面图谱；CRACI 给出了哺乳动物与植物细胞质、线粒体 tRNA 的 D 图谱，并确认 DUS2L 是人线粒体 tRNA 的 D 修饰酶。 Ju CW, et al. Nature Communications 2025;16(1):8863. PMID: 41053065
实验流程
样本质检RNA 完整性与纯度
化学转化D 被选择性修饰
逆转录D 位点掺入 C
文库构建单碱基测序文库
测序与分析位点判定与定量
生物信息分析
位点鉴定与定量
读段比对到精选的 tRNA 参考序列后判定 CRACI-seq 转化特征，给出每个 D 位点的化学计量，并标注成熟 tRNA 相对坐标、基因归属、反密码子与结构域。
分布与 motif
汇总 D 在各类 tRNA 与各结构域上的分布，重点呈现 D 环区域的位点组成。
交付内容
- 原始 D tRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。
- 含 BAM 比对文件与关键比对指标的质控报告。
- 高置信度单碱基 D 位点表（XLSX），含坐标、反密码子、isoacceptor 与化学计量。
- D 在 tRNA 各结构域的分布图与一致性 motif 分析图（PDF/PNG）。
- 组间差异修饰位点表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
- 兼容基因组浏览器的信号文件（bigWig/bedGraph）及结构化 tRNA 报告。
研究应用
- 结构域解析：在 D 环与其他结构域之间比较 D 的分布与水平。
- 折叠与柔韧性：把位点级 D 水平与 tRNA 局部构象柔性关联起来。
- 翻译保真度：将 D 变化与解码准确性和翻译效率联系起来。
- isoacceptor 比较：比较不同 isoacceptors 与 isodecoders 的 D 修饰模式。
- 经典位点复核：对第 16、17、20 位等经典位点的修饰状态做位点级复核。
- 疾病相关：筛选应激或疾病状态下差异修饰的 tRNA D 位点。
常见问题
为什么单独检测二氢尿苷（D）？
D 集中在 D 环，对 L 形折叠与 tRNA 稳定性有直接作用，而常规流程容易把它误读为普通核苷酸。单独做单碱基定位，才能看出它在不同 tRNA、不同位点上的差异。
CRACI-seq 的结果精确到什么程度？
结果落到具体位点：化学还原后的 D 位点在逆转录中掺入胞嘧啶（C），据此判定位置并给出位点水平的定量结果。位点表同时标注成熟 tRNA 相对坐标、反密码子与所属结构域，方便判断它在 tRNA 上的位置。
报告里会给出哪些内容？
包括原始测序数据与比对质控报告、单碱基 D 位点表（含坐标、反密码子、isoacceptor 与化学计量）、结构域分布与 motif 图、组间差异位点表，以及可加载到基因组浏览器的信号文件。
适合哪些样本类型？
支持 total RNA、细胞、组织与血液等样本。样本采集后建议尽快低温保存、避免反复冻融；具体准备方式可参照送样指南，或寄送前与我们确认。
参考文献
- [1] Ju CW, Li H, Jiang B, et al. Quantitative CRACI reveals transcriptome-wide distribution of RNA dihydrouridine at base resolution. Nature Communications 2025;16(1):8863. DOI: 10.1038/s41467-025-63918-w