产品优势
- 引物经验证：所有引物对均在多个组织与细胞中经过反复严格验证，无需摸索实验条件，直接用于 qPCR 检测。
- 成功率高：预制引物经过严格测试，非特异性反应少。
- 覆盖度广：包含 GtRNAdb 与 Transfer RNA database 中的全部反密码子。
- 准确快速：直接用于isoacceptor tRNA 的实时定量 PCR 检测。
- 灵活订购：可按实验需要订购相应引物，便于逐步扩展检测靶标。
背景介绍
rtStar™ tRNA-specific PCR Primer Sets为精确、定量检测isoacceptor tRNA 提供 88 对特异性 PCR 引物，所有引物对均在多个组织与细胞中经过反复严格验证，配合 rtStar™ tRNA-optimized First-Strand cDNA Synthesis Kit 使用。
isoacceptor tRNA 的定量是 tRNA 表达研究的基础环节：它既可用于验证测序或芯片筛出的候选分子，也可用于在较大样本中比较单个 tRNA 的表达差异。
isoacceptor之间序列高度相似，引物的特异性直接决定定量是否可靠。这组引物针对人 tRNA 设计，覆盖 GtRNAdb 与 Transfer RNA database 中的全部反密码子，并在多种组织与细胞中做过验证。
isoacceptor tRNA 之间序列相似度高，可靠定量本身就不容易；第一代 tRNA 芯片用 42 个核编码与 21 个线粒体编码 tRNA 探针，覆盖了 20 种氨基酸与 11 个 isoacceptor 家族。 Dittmar KA, et al. PLoS Genetics 2006;2(12):e221. PMID: 17194224
产品设计
检测范围
88 对特异性 PCR 引物，覆盖 GtRNAdb 与 Transfer RNA database 中的全部反密码子，用于isoacceptor tRNA 的定量检测。
完整列表：78 条（点击展开）
| tRNA 名称 | GtRNAdb / tRNAdb ID | 货号 |
|---|---|---|
| Ala-AGC | tdbD00003849/tdbD00003850 | AS-NR-001-1-01 |
| Ala-CGC | tdbD00003856/tdbD00003855 | AS-NR-001-1-02 |
| Ala-GGC | tRNA-Ala-GGC-chr19-3 | AS-NR-001-1-03 |
| Ala-TGC | tdbD00003861/tdbD00003862 | AS-NR-001-1-04 |
| Arg-ACG | tdbD00002599/tdbD00009083 | AS-NR-001-1-05 |
| Arg-CCG | tdbD00009084 | AS-NR-001-1-06 |
| Arg-CCT | tdbD00009086/tdbD00009087/tdbD00009088 | AS-NR-001-1-07 |
| Arg-TCG | tdbD00002600/tdbD00009091/tdbD00009092/tdbD00009093 | AS-NR-001-1-08 |
| Arg-TCT | tdbD00009097/tdbD00009099 | AS-NR-001-1-09 |
| Asn-ATT | tdbD00007875 | AS-NR-001-1-10 |
| Asn-GTT | tdbD00007881/tdbD00007894/tdbD00007892 | AS-NR-001-1-11 |
| Asp-ATC tRNA-Asp-ATC-chr6-103 Asp ATC | AS-NR-001-1-12 | |
| Asp-GTC | tdbD00004458/tdbD00004457 | AS-NR-001-1-13 |
| Cys-GCA | tdbD00004217/tdbD00004226 | AS-NR-001-1-14 |
| Gln-CTG-1 | tdbD00008596 | AS-NR-001-1-15 |
| Gln-CTG-2 | tdbD00008587 | AS-NR-001-1-16 |
| Gln-TTG-1 | tdbD00008604 | AS-NR-001-1-17 |
| Gln-TTG-2 | tdbD00008598 | AS-NR-001-1-18 |
| Glu-CTC | tdbD00004694 | AS-NR-001-1-19 |
| Glu-TTC | tdbD00004701 | AS-NR-001-1-20 |
| Gly-CCC-1 | tdbD00005312 | AS-NR-001-1-21 |
| Gly-CCC-2 | tdbD00000971/tdbD000005313 | AS-NR-001-1-22 |
| Gly-GCC | tdbD00000970/tdbD00005318/tdbD00005317/tdbD00005319 | AS-NR-001-1-23 |
| Gly-TCC | tdbD00000972/tdbD00005322 | AS-NR-001-1-24 |
| His-GTG | tdbD00005716 | AS-NR-001-1-25 |
| Ile-AAT | tdbD00005918/tdbD00005916 | AS-NR-001-1-26 |
| Ile-TAT | tdbD00005920/tdbD00005921/tdbD00005922/tdbD00005923 | AS-NR-001-1-27 |
| Ini-CAT | tdbD00003505 | AS-NR-001-1-28 |
| Leu-AAG | tdbD00001777/tdbD00006740/tdbD00006741/tdbD00006742 | AS-NR-001-1-29 |
| Leu-CAA | tdbD00006745 | AS-NR-001-1-30 |
| Leu-CAG | tdbD00006751 | AS-NR-001-1-31 |
| Leu-TAA | tdbD00006755 | AS-NR-001-1-32 |
| Leu-TAG | tdbD00001776 | AS-NR-001-1-33 |
| Lys-CTT-1 | tdbD00001479/tdbD00006182/tdbD00006183/tdbD00006176 | AS-NR-001-1-34 |
| Lys-CTT-2 | tdbD00006177 | AS-NR-001-1-35 |
| Lys-TTT | tdbD00001478/tdbD00001491/tdbD00001492/tdbD00001493 | AS-NR-001-1-36 |
| Met-CAT | tdbD00007454 | AS-NR-001-1-37 |
| Phe-GAA | tdbD00004990/tdbD00004992 | AS-NR-001-1-38 |
| Pro-AGG | tdbD00002254/tdbD00008211/tdbD00008212 | AS-NR-001-1-39 |
| Pro-CGG | tdbD00008214/tdbD00008215 | AS-NR-001-1-40 |
| Pro-GGG | tRNA-Pro-GGG-1-1 | AS-NR-001-1-41 |
| Pro-TGG | tdbD00002255/tdbD00008216 | AS-NR-001-1-42 |
| Sec-TCA | tdbD00011827 | AS-NR-001-1-43 |
| Ser-ACT | tRNA-Ser-ACT-1-1 | AS-NR-001-1-44 |
| Ser-AGA | tdbD00009824 | AS-NR-001-1-45 |
| Ser-CGA | tdbD00009832 | AS-NR-001-1-46 |
| Ser-GCT | tdbD00009833/tdbD00009834/tdbD00009835/tdbD00009836/tdbD00009837 | AS-NR-001-1-47 |
| Ser-GGA nmt-tRNA-Ser-GGA-chr2-22 | AS-NR-001-1-48 | |
| Ser-TGA | tdbD00002910/tdbD00009839/tdbD00009840 | AS-NR-001-1-49 |
| Sup-CTA | tRNA-Sup-CTA-2-1 | AS-NR-001-1-50 |
| Sup-TTA | tRNA-Sup-TTA-1-1 | AS-NR-001-1-51 |
| Thr-AGT-1 | tdbD00010476 | AS-NR-001-1-52 |
| Thr-AGT-2 | tdbD00010475 | AS-NR-001-1-53 |
| Thr-CGT | tdbD00010483/tdbD00010485 | AS-NR-001-1-54 |
| Thr-TGT-1 | tdbD00003090/tdbD00003091/tdbD00003092 | AS-NR-001-1-55 |
| Thr-TGT-2 | tdbD00003092/tdbD00003088/tdbD00003089/tdbD00003091 | AS-NR-001-1-56 |
| Trp-CCA | tdbD00011355 | AS-NR-001-1-57 |
| Tyr-ATA | tdbD00011636 | AS-NR-001-1-58 |
| Tyr-GTA-1 | tdbD00003670/tdbD00011639 | AS-NR-001-1-59 |
| Tyr-GTA-2 | tdbD00011642 | AS-NR-001-1-60 |
| Val-AAC | tdbD00010986 | AS-NR-001-1-61 |
| Val-CAC-1 | tdbD00010992 | AS-NR-001-1-62 |
| Val-CAC-2 | tdbD00010993 | AS-NR-001-1-63 |
| Val-CAC-3 | tdbD00010997 | AS-NR-001-1-64 |
| Val-TAC-1 | tdbD00011005/tdbD00011006 | AS-NR-001-1-65 |
| Val-TAC-2 | tdbD00011004 | AS-NR-001-1-66 |
| mt-Ala-TGC | mtdbD00000534 | AS-NR-001-1-67 |
| mt-Arg-TCG | mtdbD00000542 | AS-NR-001-1-68 |
| mt-Asn-GTT | mtdbD00000535 | AS-NR-001-1-69 |
| mt-Asp-GTC | mtdbD00000539 | AS-NR-001-1-70 |
| mt-Cys-GCA | mtdbD00000536 | AS-NR-001-1-71 |
| mt-Gln-TTG | mtdbD00000531 | AS-NR-001-1-72 |
| mt-Glu-TTC | mtdbD00000546 | AS-NR-001-1-73 |
| mt-Gly-TCC | mtdbD00000541 | AS-NR-001-1-74 |
| mt-His-GTG | mtdbD00000543 | AS-NR-001-1-75 |
| mt-Ile-GAT | mtdbD00000530 | AS-NR-001-1-76 |
| mt-Leu-TAA | mtdbD00000529 | AS-NR-001-1-77 |
| mt-Leu-TAG | mtdbD00000545 | AS-NR-001-1-78 |
操作流程
引物与 rtStar™ tRNA-optimized First-Strand cDNA Synthesis Kit、Arraystar SYBR® Green qPCR Master Mix 等试剂配合使用。
按常规实时定量 PCR 流程上机，引物已预先验证，无需自行摸索条件。
数据分析
结果以相对表达量呈现，支持组间比较与差异分析。
定量结果可与 tRNA 测序、芯片结果相互对照，用于复核候选 tRNA。
研究应用
- 验证测序结果：对测序或芯片筛出的候选 tRNA 做独立定量验证。
- 靶标定量：对个别isoacceptor tRNA 做稳定、可重复的定量比较。
- isoacceptor 比较：比较不同isoacceptor之间的表达差异。
- 大样本验证：在样本量较多的研究中，用同一组引物保持条件一致。
- 多平台组合：与 tRNA 测序、修饰检测组合，从表达与修饰两个层面描述。
- 逐步扩展：按实验需要灵活订购引物，便于后续增加靶标。
相关资料
常见问题
引物是现成的还是要自己设计？
是预设计并对每条靶标做过验证的成品引物，拆开即可使用，不需要自己摸索扩增条件。引物对应的 tRNA 名称与数据库编号在清单中一一列出，便于与测序结果对照。
为什么 tRNA 的引物需要专门验证？
isoacceptor tRNA 之间序列高度相似，普通引物容易出现交叉扩增。这些引物在多类组织与细胞中经过测试，非特异性反应更少，结果可比性更好。
需要搭配什么试剂？
建议配合 rtStar™ tRNA Pretreatment & First-Strand cDNA Synthesis Kit 使用，该试剂盒可去除 tRNA 上的甲基化修饰屏障，使各条 tRNA 的逆转录效率更接近。
参考文献
- [1] Dittmar KA, Mobley EM, Radek AJ, Pan T. Tissue-specific differences in human transfer RNA expression. PLoS Genetics 2006;2(12):e221. DOI: 10.1371/journal.pgen.0020221. PMID: 17194224