产品优势
- 覆盖度广：囊括 UniProt 与 Modomics 中所有已知的 tRNA 修饰酶与蛋白因子，共 85 个。
- 严谨性强：所有引物都在多样本中通过了严格验证。
- 快速简易：即用型 384 孔板规格，加入 cDNA 与 qPCR Master Mix 后 4 小时内得到实验结果，cDNA 无需预先扩增。
- 配套明确：建议配套 rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit（AS-FS-001）与 SYBR® Green Real-time qPCR Master Mix。
- 从酶层面切入：修饰位点难以逐个追踪时，先看修饰酶的表达变化，是比较直接的一条线索。
背景介绍
tRNA 携带种类丰富、数目众多的转录后修饰。这些修饰参与 tRNA 的正确折叠与稳定性维持，也影响解码功能：位于颈环部位的修饰影响折叠与稳定性，反密码子环上的修饰与翻译准确性相关，34 号位置的修饰决定密码子的摆动性。
tRNA 修饰受各类修饰相关蛋白的动态调控，这些蛋白的突变或功能紊乱与多种疾病的发生有关——例如 NSUN2 负责催化胞嘧啶 5 位甲基化，其突变会导致机体头小畸形症；t6A 甲基转移酶 CDKAL1 功能紊乱可诱发Ⅱ型糖尿病。修饰如何被调控、对疾病治疗的意义，仍在进一步研究中。
对于特定通路或聚焦领域中的基因，PCR 芯片是表达研究可靠便捷的手段：一次实验即可把 85 个修饰酶的表达水平放在同一张板上比较。
tRNA 的丰度受动态调控，tRNA 及其降解片段参与胁迫信号与适应性翻译；tRNA 本身或影响其生成的基因发生突变，与多种复杂疾病相关。 Kirchner S, Ignatova Z. Nature Reviews Genetics 2015;16(2):98-112. PMID: 25534324
产品设计
检测范围
同时检测 85 个 tRNA 修饰酶及相关蛋白因子，384 孔（4×96）板式，覆盖 UniProt 与 Modomics 中已知的全部 tRNA 修饰酶。
产品列表
| 芯片 | 货号 | 规格 | 描述 |
|---|---|---|---|
| NuRNA™ Human tRNA Modification Enzymes PCR Array | AS-NM-001-1 | 384 (4x96)-well plate | 同时检测 85 个 tRNA 修饰酶及相关蛋白因子 |
| NuRNA™ Human tRNA Modification Enzymes PCR Array (Roche Light Cycler 480) | AS-NM-001-1-R | 384 (4x96)-well plate | 适配 Roche Light Cycler 480 |
完整列表：85 个 tRNA 修饰酶 / 蛋白因子（点击展开）
| 修饰酶 / 蛋白因子（括号内为对应的修饰类型） |
|---|
| tRNA修饰酶/蛋白因子（修饰类型） tRNA修饰及相关蛋白(85): ADAT1(m1I37) |
| ADAT2(m1I34) |
| ADAT3(-) |
| ALKBH1(mcm5U) |
| ALKBH8(mchm5U34/mcm5s2U34/mcm5U34/mcm5Um34) |
| C9orf64(-) |
| CDK5RAP1(ms2A37/ms2 i6A37) |
| CDKAL1(ms2A37/ms2 i6A37) |
| CDKL1(ms2t6A) |
| CTU1(mcm5S2U ) |
| CTU2(mcm5S2U) |
| DUS1L(D16/17) |
| DUS2(D20) |
| DUS3L(D47) |
| DUS4L(D) |
| ELP3(-) |
| ELP4(mcm5s2U) |
| FBLL1(-) |
| FTSJ1(Cm32/Gm34) |
| GTPBP3(tm5U34) |
| HSD17B10(m1A9/m1G9) |
| IKBKAP(-) |
| KIAA0391(m1A9/m1G9) |
| KIAA1456(Um) |
| LAGE3(t6A37) |
| LCMT2(o2yW) |
| METTL1(m7G46) |
| METTL2A(Cm) |
| METTL2B(3mC) |
| MOCS3(mcm5S2U ) |
| MTO1(tm5U34) |
| NAT10(Ac4C) |
| NFS1(s2U34/tm5s2U34) |
| NSUN2(m5C49) |
| NSUN6(m5C72) |
| OSGEP(t6A37) |
| OSGEPL1(t6A37) |
| PUS1(pseudouridine27/pseudouridine28) |
| PUS10(pseudouridine 55) |
| PUS3(pseudouridine39) |
| PUS7L(pseudouridine) |
| PUSL1(pseudouridine) |
| QTRT1 (Q34) |
| QTRT2 (Q34) |
| RPUSD1(pseudouridine) |
| RPUSD2(pseudouridine31/pseudouridine32) |
| RPUSD3(pseudouridine) |
| RPUSD4(pseudouridine31/pseudouridine32) |
| SSB(-) |
| TARBP1(-) |
| THUMPD1(Acetylcytidine) |
| THUMPD2(Gm) |
| THUMPD3(Gm) |
| TP53RK(t6A37) |
| TPRKB(t6A37) |
| TRDMT1(m5C38) |
| TRIT1(i6A37) |
| TRMO(m6t6A) |
| TRMT1(m2G26/m22G26) |
| TRMT10A(m1G9) |
| TRMT10B(m1G9) |
| TRMT10C(m1A9/m1G9) |
| TRMT11(m2G10) |
| TRMT112(mchm5U34/mcm5s2U34/mcm5U34/mcm5Um34) |
| TRMT12(o2yW) |
| TRMT13(m4C/m4A ) |
| TRMT1L(m2G26/m22G26) |
| TRMT2A(Um) |
| TRMT2B(m5U54) |
| TRMT44(Um44) |
| TRMT5(m1G37/o2yW) |
| TRMT6(m1A58) |
| TRMT61A(m1A58) |
| TRMT61B(m1A58) |
| TRMU(s2U34/tm5s2U34) |
| TRUB1(pseudouridine) |
| TRUB2(pseudouridine55) |
| TYW1(o2yW) |
| TYW1B(o2yW) |
| TYW3(o2yW) |
| TYW5 (o2yW) |
| UBA5(cyclic t6A) |
| URM1(mcm5S2U) |
| WDR4(m7G46) |
| YRDC(t6A37) |
注：tRNA修饰缩写参考Modomics数据库，基因名参考UniProt。
操作流程
即用型 384 孔板：将 cDNA 与 qPCR Master Mix 混合试剂加入 PCR 板即可，4 小时内得到实验结果，cDNA 无需预先扩增。
为保证芯片实验效果，建议配套使用 Arraystar rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit（AS-FS-001）与 Arraystar SYBR® Green Real-time qPCR Master Mix。
适用的 PCR 仪：ABI ViiA™ 7、ABI 7500 / 7500 FAST、ABI 7900HT、ABI QuantStudio™ 6 / 7 / 12K Flex；Bio-Rad CFX96 / CFX384；Roche LightCycler 480 / 480 II；Agilent Mx3000P / Mx3005P；Stratagene Mx3000P / Mx3005P；Eppendorf Realplex；QIAGEN Rotor-Gene Q。
数据分析
结果给出 85 个修饰酶与相关蛋白因子的相对表达量，支持组间比较与差异筛选。
配套的 Analysis Tool 可用于数据整理，输出结果可继续用于统计与作图，并按修饰类型归类查看。
研究应用
- 修饰酶表达筛选：一次实验比较 85 个修饰酶的表达，锁定候选调控因子。
- 与修饰检测组合：同一批样本可继续做 tRNA 修饰测序，把酶的表达与修饰水平对照分析。
- 疾病相关研究：结合 NSUN2、CDKAL1 等修饰酶与疾病相关的既有报道，考察表达变化。
- 通路聚焦：在特定通路或聚焦领域内做表达研究，避免逐个基因摸索条件。
- 大样本比较：适合样本量较多、需要快速获得结论的比较研究。
- 验证与互检：对测序或其他平台筛出的候选酶做独立定量复核。
相关资料
常见问题
这张芯片检测什么？
为什么要把修饰酶和修饰位点一起看？
和 tRNA 修饰测序怎么配合？
参考文献
- [1] Kirchner S, Ignatova Z. Emerging roles of tRNA in adaptive translation, signalling dynamics and disease. Nature reviews Genetics 2015;16:98-112. PMID: 25534324
- [2] El Yacoubi B, Bailly M, de Crecy-Lagard V. Biosynthesis and function of posttranscriptional modifications of transfer RNAs. Annual review of genetics 2012;46:69-95. PMID: 22905870
- [3] Zhou B, Wei FY, Kanai N, Fujimura A, Kaitsuka T, Tomizawa K. Identification of a splicing variant that regulates type 2 diabetes risk factor CDKAL1 level by a coding-independent mechanism in human. Human molecular genetics 2014;23:4639-50. PMID: 24760768
- [4] Zhang X, Cozen AE, Liu Y, Chen Q, Lowe TM. Small RNA Modifications: Integral to Function and Disease. Trends in molecular medicine 2016. PMID: 27840066
- [5] Suzuki T, Nagao A, Suzuki T. Human mitochondrial tRNAs: biogenesis, function, structural aspects, and diseases. Annual review of genetics 2011;45:299-329. PMID: 21910628