产品优势
- 引物经验证：所有引物对均在多个组织与细胞中经过反复严格验证，无需摸索实验条件，直接用于 qPCR 检测。
- 成功率高：预制引物经过严格测试，非特异性反应少。
- 特异性强：可区分 tRF&tiRNA 与其前体 tRNA。
- 覆盖度广：185 对引物覆盖常见的人 tRF 与 tiRNA 片段。
- 灵活订购：可按实验需要订购相应引物，便于逐步扩展检测靶标。
背景介绍
rtStar™ tRF&tiRNA-specific PCR Primer Sets为精确、定量检测单个 tRF&tiRNA 提供 185 对特异性 PCR 引物，引物对在多个组织与细胞中经过反复严格验证，需与 rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit 配合使用。
tRF 与 tiRNA 由 tRNA 精确切割产生，片段之间序列重叠、长度接近，而且与前体 tRNA、pre-tRNA 共享序列，按常规 qPCR 很难区分。
这组引物针对单个 tRF&tiRNA 设计，需与带 3′ 和 5′ 接头的第一链 cDNA 合成试剂盒配合使用，通过人工引入的接头序列把目标片段与背景区分开，从而对单个片段做定量。
在前列腺癌患者的临床样本中，tRF 的表达随疾病阶段变化，说明这类片段可以用于区分正常与肿瘤组织。 Olvedy M, et al. Oncotarget 2016;7(17):24766-24777. PMID: 27015120
产品设计
检测范围
185 对特异性 PCR 引物，用于单个 tRF&tiRNA 的定量检测，需与 rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit（3′ and 5′ adaptor）配套使用。
完整列表：57 条（点击展开）
| tRF&tiRNA 名称 | 序列 | 来源 tRNA | 货号 |
|---|---|---|---|
| 3'tiR_007_GluTTC (n) | TTTCACCCAGGCGGCCCGGGTTCGACTCCCGGTGTGGGAACCA | GluTTC (n) | AS-NR-002-1-001 |
| 3'tiR_012_ArgCCT (n) | CCTAAGCCAGGGATTGTGGGTTCGAGTCCCACCCGGGGTACCA | ArgCCT (n) | AS-NR-002-1-002 |
| 3'tiR_026_GlnCTG (n) | TGAATCCAGCGATCCGAGTTCAAATCTCGGTGGAACCTCCA | GlnCTG (n) | AS-NR-002-1-003 |
| 3'tiR_028_HisGTG (mt) | TGTGAATCTGACAACAGAGGCTTACGACCCCTTATTTACCC | HisGTG (mt) | AS-NR-002-1-004 |
| 3'tiR_037_ArgCCG (n) | GGAGCTGGGGATTGTGGGTTCGAGTCCCATCTGGGTCGCCA | ArgCCG (n) | AS-NR-002-1-005 |
| 3'tiR_056_ValTAC (mt) | TACACTTAGGAGATTTCAACTTAACTTGACCGCTCTGACCA | ValTAC (mt) | AS-NR-002-1-006 |
| 3'tiR_060_MetCAT (n) | TCATAATCTGAAGGTCGTGAGTTCGATCCTCACACGGGGCACCA | MetCAT (n) | AS-NR-002-1-007 |
| 3'tiR_063_ArgCCT (n) | TCCTAAGCCAGGGATTGTGGGTTCGAGTCCCATCTGGGGTGCCA | ArgCCT (n) | AS-NR-002-1-008 |
| 3'tiR_075_GluTTC (mt)/ GluTTC (mt-la) | TTCATATCATTGGTCGTGGTTGTAGTCCGTGCGAGAATACC | GluTTC (mt), GluTTC (mt-la) | AS-NR-002-1-009 |
| 3'tiR_078_ArgTCT (n) | TTCTAATTCAAAGGTTCCGGGTTCGAGTCCCGGCGGAGTCGCCA | ArgTCT (n) | AS-NR-002-1-010 |
| 3'tiR_080_ProTGG (mt) | TTGGGTGCTAATGGTGGAGTTAAAGACTTTTTCTCTGACC | ProTGG (mt) | AS-NR-002-1-011 |
| 3'tiR_082_ThrTGT (mt) | TTGTAAACCGGAGATGAAAACCTTTTTCCAAGGACACCA | ThrTGT (mt) | AS-NR-002-1-012 |
| 3'tiR_088_LysCTT (n) | CTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGCCA | LysCTT (n) | AS-NR-002-1-013 |
| 5003/4C | GCATGGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCC | GCATTGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCGCC GlyGCC GlyGCC | AS-NR-002-1-014 |
| 5008C | GCGTTGGTGGTATAGTGGTGAGCATAGCTG | GlyTCC | AS-NR-002-1-015 |
| 5009C | GCTTCTGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTCGC | ValCAC | AS-NR-002-1-016 |
| 5016C | GGGGGTATAGCTCAGTGGTAGAGCATTTGACT | CysGCA | AS-NR-002-1-017 |
| 5026/27C | GTTTCCGTAGTGTAGTGGTCATCACGTTCGC | GTTTCCGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTCGC ValAAC ValAAC/ValCAC | AS-NR-002-1-018 |
| TRF62 | AGCAGAGTGGCGCAGCGGAAGCGTGCTGG | MetCAT | AS-NR-002-1-019 |
| TRF315 | GCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGG | LysCTT | AS-NR-002-1-020 |
| TRF327 | GCCTTGGTGGTGCAGTGGTAGAATTCTCGCCT | GlyCCC | AS-NR-002-1-021 |
| TRF353 | GGCCCCATGGTGTAATGGTTAGCACTCTGGA | GlnTTG | AS-NR-002-1-022 |
| TRF419 | GGTAGTGTGGCCGAGCGGTCTAAGGCGCTG | LeuTAG | AS-NR-002-1-023 |
| tiRNA-5033-ProTGG-1 | GGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTCTCGGTTT | ProTGG | AS-NR-002-1-024 |
| tiRNA-5033-GluTTC-1 | TCCCACATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTT | GluTTC | AS-NR-002-1-025 |
| tiRNA-5029-GlyGCC-2 | GCGCCGCTGGTGTAGTGGTATCATGCAAG | GlyGCC | AS-NR-002-1-026 |
| tiRNA-5034-ValCAC-2 | GCTTCTGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTCGCCTC | ValCAC | AS-NR-002-1-027 |
| tiRNA-5034-ValCAC-3 | GTTTCCGTAGTGTAGCGGTTATCACATTCGCCTC | ValCAC | AS-NR-002-1-028 |
| tiRNA-5030-HisGTG-1 | GCCGTGATCGTATAGTGGTTAGTACTCTGC | HisGTG | AS-NR-002-1-029 |
| tiRNA-5030-GluTTC-1 | TCCCACATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTG | GluTTC | AS-NR-002-1-030 |
| tiRNA-5033-GluTTC-2 | TCCCATATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTT | GluTTC | AS-NR-002-1-031 |
| tiRNA-5030-LysCTT-2 | GCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGGG | LysCTT | AS-NR-002-1-032 |
| tiRNA-5029-ProAGG | GGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTCTCG | ProAGG | AS-NR-002-1-033 |
| tiRNA-5031-GluTTC-1 | TCCCTGGTGGTCTAGTGGCTAGGATTCGGCG | GluTTC | AS-NR-002-1-034 |
| tiRNA-5031-HisGTG-1 | GCCGTGATCGTATAGTGGTTAGTACTCTGCG | HisGTG | AS-NR-002-1-035 |
| tiRNA-5031-GluCTC-1 | TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCG | GluCTC | AS-NR-002-1-036 |
| tiRNA-5034-GlyCCC-1 | GCGCCGCTGGTGTAGTGGTATCATGCAAGATTCC | GlyCCC | AS-NR-002-1-037 |
| tiRNA-5034-GluTTC-1 | TCCCACATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTTT | GluTTC | AS-NR-002-1-038 |
| tiRNA-5033-LysTTT-1 | GCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGACT | LysTTT | AS-NR-002-1-039 |
| tiRNA-5032-LysTTT-1 | GCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATCAGAC | LysTTT | AS-NR-002-1-040 |
| tiRNA-5031-PheGAA | GCCGAAATAGCTCAGTTGGGAGAGCTTTAGA | PheGAA | AS-NR-002-1-041 |
| tiRNA-5034-ValTAC-3 | GGTTCCATAGTGTAGTGGTTATCACATCTGCTTT | ValTAC | AS-NR-002-1-042 |
| tiRNA-5030-GlnTTG-3 | GGTCCCGTGGTGTAATGGTTAGCACTCTGG | GlnTTG | AS-NR-002-1-043 |
| tiRNA-5029-GlyGCC-3 | GCATTGGTGGTTCAGTGGTAGAATTCTCG | GlyGCC | AS-NR-002-1-044 |
| tiRNA-5035-GluTTC-1 | TCCCACATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTTTT | GluTTC | AS-NR-002-1-045 |
| tiRNA-5035-GluTTC-2 | TCCCATATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTTTT | GluTTC | AS-NR-002-1-046 |
| tiRNA-5034-GluTTC-2 | TCCCATATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGTTT | GluTTC | AS-NR-002-1-047 |
| tiRNA-5035-GluTTC-3 | TCCCTGGTGGTCTAGTGGCTAGGATTCGGCGCTTT | GluTTC | AS-NR-002-1-048 |
| tiRNA-5032-GluTTC-1 | TCCCACATGGTCTAGCGGTTAGGATTCCTGGT | GluTTC | AS-NR-002-1-049 |
| tiRNA-5035-GluCTC | TCCCTGGTGGTCTAGTGGTTAGGATTCGGCGCTCT | GluCTC | AS-NR-002-1-050 |
| tiRNA-5030-SerGCT-3 | GACGAGGTGGCCGAGTGGTTAAGGCGATGG | SerGCT | AS-NR-002-1-051 |
| tiRNA-5030-SerGCT-1 | GACGAGGTGGCCGAGTGGTTAAGGCAATGG | SerGCT | AS-NR-002-1-052 |
| tiRNA-5031-HisGTG-2 | GCCGTAATCGTATAGTGGTTAGTACTCTGCG | HisGTG | AS-NR-002-1-053 |
| tiRNA-5029-AlaAGC-1 | GGGGGATTAGCTCAAATGGTAGAGCCCTC | AlaAGC | AS-NR-002-1-054 |
| tiRNA-5032-LysCTT-1 | GCCCGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGGGAC | LysCTT | AS-NR-002-1-055 |
| 1001 | GAAGCGGGTGCTCTTATTTT | SerTGA | AS-NR-002-1-056 |
| 1003 | GCTAAGGAAGTCCTGTGCTCAGTTTT | SerGCT | AS-NR-002-1-057 |
操作流程
先用 rtStar™ tRF&tiRNA Pretreatment Kit 完成末端修复与去甲基化处理，再合成带接头的第一链 cDNA。
引物与上述 cDNA 及 qPCR 试剂配合上机，引物已预先验证，无需自行摸索条件。
数据分析
结果以相对表达量呈现，支持组间比较与差异分析。
定量结果可与 tRF&tiRNA 测序、PCR 芯片结果相互对照，用于复核候选片段。
研究应用
- 验证测序结果：对测序或芯片筛出的候选片段做独立定量验证。
- 单个片段定量：对个别 tRF 或 tiRNA 做稳定、可重复的定量比较。
- 前体干扰控制：用能区分前体的引物，避免把 tRNA 前体计入片段表达。
- 大样本验证：在样本量较多的研究中，用同一组引物保持条件一致。
- 标志物验证：对体液中候选片段标志物做靶向定量。
- 逐步扩展：按实验需要灵活订购引物，便于后续增加靶标。
相关资料
常见问题
这些引物能区分高度相似的片段吗？
可以。tRF 与 tiRNA 序列短且与来源 tRNA 高度相似，引物在设计时已考虑特异性，并在实际样本中验证过，减少与相近序列的交叉扩增。
拿到引物后需要做什么？
按说明配制反应体系后即可上机，配套的预处理与逆转录试剂可以处理末端修饰，提高 cDNA 产出。若样本类型特殊，可在使用前与我们确认前处理条件。
和 tRF&tiRNA 芯片是什么关系？
芯片用于全谱筛选，引物用于对筛选出的关键片段做定量复核。两者组合可以在控制成本的同时保留验证环节。
参考文献
- [1] Olvedy M, Scaravilli M, Hoogstrate Y, et al. A comprehensive repertoire of tRNA-derived fragments in prostate cancer. Oncotarget 2016;7(17):24766-24777. DOI: 10.18632/oncotarget.8293. PMID: 27015120