服务优势
- 按片段设计引物：针对目标片段单独设计，减少与相近序列的交叉扩增。
- 配合末端修饰处理：处理 3′ 端修饰，提高 cDNA 产出与检测灵敏度。
- 适合关键片段复核：对测序结果中最值得关注的几个片段做定量确认。
- 样本效率高：靶标数量少时，比重复做全谱测序更省样本与成本。
- 结果可统计：输出相对定量结果，支持组间比较与统计检验。
背景介绍
tRF&tiRNA-qPCR是一种针对单个 tRF 或 tiRNA 靶标的实时定量验证方法。由于目标序列短且与来源 tRNA 高度相似，引物需要专门设计，并在逆转录前处理片段的末端修饰，以获得可靠的扩增信号与相对表达量。
tRF 与 tiRNA 的表达谱通常先由测序或芯片获得，但全谱方法在少数关键片段上的定量精度有限，投稿时审稿人也常要求独立验证。qPCR 正是承担这一环节。
这类片段的难点集中在两点：序列短导致引物特异性难保证，末端修饰导致接头连接与逆转录效率受限。本服务针对这两点分别做了处理。
用 PCR 定量 tRNA 来源小 RNA 有两个绕不开的问题：片段长度与末端序列高度异质，而且它们与序列完全相同的成熟 tRNA、前体 tRNA 混在同一份 total RNA 里。 TaqMan RT-qPCR for tRNA half quantification. Methods in Enzymology 2025. PMID: 39952703
实验流程
引物设计合成片段特异引物
样本 RNA 抽提按样本类型处理
末端修饰处理脱氨基 / 去磷酸化
逆转录与扩增实时荧光定量
数据分析相对定量与统计
数据分析
输出各靶标的扩增曲线、熔解曲线与相对定量结果表，支持组间比较与统计检验。结果可与测序或芯片中对应片段的表达趋势并列呈现。
研究应用
- 关键片段验证：对测序发现的差异片段做独立定量确认。
- 大样本队列：在较多样本中验证少量候选片段的表达趋势。
- 临床样本：样本量有限时优先定量最有价值的目标片段。
- 与芯片互补：芯片筛全谱，qPCR 复核关键分子。
- 时间序列：观察目标片段在多个时间点的变化。
- 多平台组合：与 tRF&tiRNA 测序、成熟 tRNA 检测组合使用。
常见问题
引物为什么要专门设计？
这类片段只有 15–45 nt，且与来源 tRNA 的序列高度相似，通用引物容易出现非特异扩增或区分不开相近片段。针对目标片段单独设计引物，是把背景压下来的前提。
检测流程包含哪些步骤？
流程为：设计并合成目标片段的特异性引物 → 样本 RNA 抽提 → 末端修饰处理与逆转录 → 实时定量 PCR 扩增 → 数据分析。组织与细胞样本的抽提方式不同，准备说明会分别提供。
和 tRF&tiRNA 测序结果怎么对应？
qPCR 用于验证测序中发现的候选片段。两者测的都是相对表达量，把关键片段的 qPCR 结果与测序趋势并列呈现，可以让结论更扎实。
能不能用成品引物？
可以。rtStar™ Pre-designed tRF&tiRNA Primer Sets 提供了经过验证的成品引物组合，覆盖常见靶标；如果目标片段不在清单内，我们再按需单独设计。
参考文献
- [1] TaqMan RT-qPCR for tRNA half quantification. Methods in Enzymology 2025. DOI: 10.1016/bs.mie.2024.11.010. PMID: 39952703