ac⁴C tRNA单碱基测序（RedaC:T-seq）

服务优势

• 还原型转化读出：转化试剂选择性作用于乙酰化胞苷，在逆转录中留下可判读的特征，未修饰胞苷按原样读出。
• 位点级定量：转化信号换算为每个 ac⁴C 位点的修饰比例，同一批样本内各位置的结果可以直接对照。
• 不依赖抗体：省去免疫沉淀环节，避开抗体对 tRNA 紧密三级结构的捕获偏倚与交叉反应。
• 结构域解析：ac⁴C 在 L 形折叠与反密码子—密码子解码中的作用，可以放到位点层面去追踪。
• 成熟 tRNA 专属注释：每个位点给出成熟 tRNA 相对坐标、基因归属、反密码子、isoacceptor 与结构域信息。

背景介绍

ac⁴C 出现在 tRNA 的反密码子环等位置，与局部构象的稳定和解码效率有关。位点少而集中，整体定量很难反映位点之间的差异，因此更需要在单碱基层面读出。

抗体富集路线在 tRNA 上会遇到麻烦：分子折叠紧密，抗体不容易均匀接近所有位点。RedaC:T-seq 走的是化学转化路线——先用还原剂把 ac⁴C 还原为对转化敏感的中间体，再经化学处理使其在逆转录中读作 T，未修饰的 C 仍读作 C，两类信号因此可以分开。

胞苷乙酰化（ac⁴C）对翻译的作用与位置相关：位于编码区时促进翻译，位于 5′ UTR 时则影响起始过程。 Arango D, et al. Molecular Cell 2022;82(15):2797-2814.e11. PMID: 35679869

实验流程

生物信息分析

位点鉴定与定量

读段比对到精选的 tRNA 参考序列，识别 RedaC-T 转化特征，给出每个位点的 ac⁴C 化学计量；每个位点同时标注成熟 tRNA 相对坐标、反密码子、isoacceptor 与结构域归属。

分布与 motif

汇总 ac⁴C 在各类 tRNA 与各结构域上的分布，并做一致性 motif 统计，用于判断位点是否集中在特定区域。

交付内容

• 原始 ac⁴C tRNA 测序 FASTQ 数据文件，可直接提交至 GEO/SRA 等公共数据库。
• 含 BAM 比对文件与关键比对指标的质控报告。
• 高置信度单碱基 ac⁴C 位点表（XLSX），含坐标、反密码子、isoacceptor 与化学计量。
• ac⁴C 在 tRNA 各结构域的分布图与一致性 motif 分析图（PDF/PNG）。
• 组间差异修饰位点表（XLSX），含倍数变化等统计信息。
• 兼容基因组浏览器的信号文件（bigWig/bedGraph）及结构化 tRNA 报告。

研究应用

• 解码保真度：在反密码子与摆动位点区域定位 ac⁴C，评估它对密码子识别的贡献。
• 氨酰化与翻译：把位点级修饰水平与 tRNA 氨酰化状态、翻译效率放在一起比较。
• 结构域分布：在 D 环、反密码子环、TΨC 环与氨基酸接受臂之间比较修饰分布。
• isoacceptor 比较：比较不同 isoacceptors 与 isodecoders 在同一位置上的修饰差异。
• 多修饰联合：与 m⁵C、Ψ、Nm 等方法组合，观察同一批样本中多类修饰的变化。
• 候选标志物：筛选应激或疾病状态下差异修饰的 tRNA 位点，作为后续验证的候选。

常见问题

参考文献

• [1] Arango D, Sturgill D, Yang R, et al. Direct epitranscriptomic regulation of mammalian translation initiation through N4-acetylcytidine. Molecular Cell 2022;82(15):2797-2814.e11. DOI: 10.1016/j.molcel.2022.05.016