产品优势
- 末端修复：去除片段上常见的 3′ 环磷酸与 5′ 羟基，产生可连接接头的 3′ 羟基与 5′ 磷酸末端。
- 去甲基化处理：去除片段内部的 m1A、m1G、m3C 修饰，提高 cDNA 逆转录效率。
- 提高检出与区分度：与未处理样本相比，预处理显著提高了检测灵敏度、定量精确性与检出区分度。
- 区分片段与前体：通过引入人工接头序列，把 tRF&tiRNA 与前体 tRNA、其他小 RNA 区分开。
- 配套使用：与 rtStar™ tRF&tiRNA First-Strand cDNA Synthesis Kit 组成完整的定量体系。
背景介绍
rtStar™ tRF&tiRNA 预处理试剂盒用于 qPCR 的 cDNA 合成之前的 tRF 与 tiRNA 样品制备：去除片段上常见的 3′ 环磷酸与 5′ 羟基、补齐可连接接头的末端，并对片段内部的 m1A、m1G、m3C 修饰做去甲基化处理。
tRF&tiRNA 由 tRNA 精确切割产生，参与 RNA 干扰、mRNA 稳定性调节、应激颗粒组装与细胞凋亡等过程，并与癌症、神经退行性疾病等存在关联。
但这类片段的分子特性给精确定量带来了困难：末端常带 3′ 环磷酸或 5′ 羟基，接头无法连接；片段内部的修饰又会阻碍逆转录。此外，它们与前体 tRNA、pre-tRNA 共享序列，按常规 qPCR 很难区分。
预处理试剂盒正是为解决这两类问题设计的：先修复末端、去除内部修饰，再由第一链 cDNA 合成试剂盒引入人工序列，从而把目标片段与背景区分开。
在 452 名健康人样本中，tRNA 来源片段的长度、起止位置与相对丰度是稳定可重复的，并会随性别等因素变化——片段本身有规律可循，因此值得做定量。 Telonis AG, et al. Oncotarget 2015;6(28):24797-24822. PMID: 26325506
产品设计
检测范围
用于 qPCR 的 cDNA 合成之前的 tRF 与 tiRNA 样品制备，与 rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit 配套使用。
产品列表
| 产品名称 | 货号 | 规格 | 产品描述 |
|---|---|---|---|
| rtStar™ tRF&tiRNA Pretreatment Kit | AS-FS-005 | 12 Reactions | 3′ 氨酰基末端去除 / 3′ 环磷酸末端去除 / 5′ 羟基末端磷酸化 / m1A、m1G、m3C 去甲基化 |
| rtStar™ tRF&tiRNA First-Strand cDNA Synthesis Kit | AS-FS-003 | 6 Reactions | 依次将 3′-Adaptor 连接到 RNA 的 3′-末端、5′-Adaptor 连接到 5′-末端 |
| rtStar™ tRF&tiRNA First-Strand cDNA Synthesis Kit | AS-FS-003-02 | 12 Reactions | 依次将 3′-Adaptor 连接到 RNA 的 3′-末端、5′-Adaptor 连接到 5′-末端 |
操作流程
预处理：去除 3′ 环磷酸末端、将 5′ 羟基磷酸化、去除 m1A / m1G / m3C 甲基化修饰。
cDNA 合成：依次将 3′-Adaptor 连接到 RNA 的 3′-末端、5′-Adaptor 连接到 5′-末端，再合成第一链 cDNA。
合成后的 cDNA 可直接用于 qPCR 检测。
数据分析
试剂盒本身不产出数据；预处理后的 cDNA 用于 qPCR 后，结果以相对表达量呈现，支持组间比较。
由于预处理去除了末端与修饰带来的偏倚，各片段之间的检测效率更接近，比较结果更可靠。
研究应用
- 片段定量研究：对 tRF&tiRNA 做可靠定量，观察不同样本间的表达差异。
- 大样本比较：流程标准化，适合样本量较多的比较研究。
- 与芯片/引物配套：与 nrStar™ tRF&tiRNA PCR 芯片或 rtStar™ Pre-designed Primer Sets 搭配使用。
- 前体干扰控制：在需要区分片段与前体的研究中使用，避免把前体计入表达。
- 与成熟 tRNA 联合：与成熟 tRNA 检测组合，观察来源与加工的关系。
- 标志物探索：为体液中片段类标志物的筛选提供可重复的定量基础。
相关资料
常见问题
这个试剂盒解决什么问题？
tRF 与 tiRNA 带有丰富的碱基修饰和特异末端修饰，前者阻碍逆转录、后者妨碍接头连接。试剂盒按脱氨基、去磷酸化、末端磷酸化三步处理，把这两类障碍一并清掉。
不做前处理会怎样？
最直接的影响是检出率下降、定量偏差增大，部分高修饰片段可能完全检测不到。对需要比较组间差异的研究来说，这类缺失会直接影响结论可靠性。
可以和哪些产品搭配？
适合与 nrStar™ tRF&tiRNA PCR 芯片、rtStar™ 预设计引物组合，也可以用于自建 tRF 与 tiRNA 测序文库的前处理环节。
参考文献
- [1] Telonis AG, Loher P, Honda S, et al. Dissecting tRNA-derived fragment complexities using personalized transcriptomes reveals novel fragment classes and unexpected dependencies. Oncotarget 2015;6(28):24797-24822. DOI: 10.18632/oncotarget.4695. PMID: 26325506