nrStar™ tRNA PCR芯片(H/M) | tRNA 表达谱检测芯片

产品优势

覆盖完整：检测 GtRNAdb 数据库中全部的反密码子 isoacceptor，同时检测实时定量 PCR 可以区分的全部 isodecoder。
聚焦可信条目：优先纳入可信度较高的人 tRNA（tRNAScan score > 50）。
引物经验证：引物在多种类型组织与细胞中经过充分验证，减少批次间波动。
操作简便：流程标准化，短时间内即可获得数据结果。
两个层面解读：isoacceptor 层面适合研究密码子偏好，isodecoder 层面适合研究同反密码子内部的表达差异。
可与其他平台互验：结果可与 tRNA 测序、qPCR 验证相互对照。

背景介绍

nrStar™ tRNA PCR 芯片是一种基于实时定量 PCR 的 tRNA 表达谱检测芯片。它用固定在板上的特异性引物对，对样本中已知的 tRNA isoacceptor 与 isodecoder 做并行定量，适合在已有明确研究目标时快速比较多个样本之间的 tRNA 表达差异。

不同基因组对特定密码子的偏好性不同，tRNA 表达谱也因此存在差异，而密码子偏好性会影响翻译效率与精确性。细胞增殖、分化与凋亡等过程都伴随 tRNA 水平变化；肿瘤、Ⅱ型糖尿病、亨廷顿舞蹈症及部分病毒感染也与 tRNA 谱的紊乱相关。

PCR 芯片是研究特定类群 RNA 的可靠手段之一：与无偏发现的测序方案相比，它更侧重对已知目标做稳定、可重复的定量比较，适合样本量较多或需要快速获得结论的场景。

用人基因组里 450 多个已注释的 tRNA 基因做表达谱并不容易；早期的 tRNA 芯片方法在 42 个核编码与 21 个线粒体编码 tRNA 探针上，给出了人 tRNA 表达存在组织差异的证据。 Dittmar KA, et al. PLoS Genetics 2006;2(12):e221. PMID: 17194224

产品设计

检测范围

人、小鼠两种版本可选，各自覆盖 185 个 tRNA，包含 GtRNAdb 数据库中全部细胞核反密码子 isoacceptor。

产品列表

产品名称	货号	规格
nrStar™ Human tRNA PCR Array V2.0	AS-NR-001H-1	384-well (2*192) / plate
nrStar™ Human tRNA PCR Array V2.0 (Roche Light Cycler 480)	AS-NR-001H-1-R	384-well (2*192) / plate
nrStar™ Mouse tRNA PCR Array	AS-NR-001M-1	384-well (2*192) / plate
nrStar™ Mouse tRNA PCR Array (Roche Light Cycler 480)	AS-NR-001M-1-R	384-well (2*192) / plate
nrStar™ Human tRNA PCR Array V1.0	AS-NR-001-1	384-well (4*96) / plate

操作流程

RNA 提取与质检纯度与完整性

去甲基化处理去除修饰屏障

逆转录cDNA 合成

上机扩增实时定量 PCR

数据分析表达谱与差异比较

为保证 tRNA isoacceptor 与 isodecoder 表达水平检测的准确性，建议配套使用 rtStar™ tRNA Pretreatment & First-Strand cDNA Synthesis Kit，该试剂盒可有效去除 tRNA 上丰富的甲基化修饰，确保 cDNA 合成效率。

数据分析

芯片结果按 isoacceptor 与 isodecoder 两个层面整理，给出各 tRNA 的相对表达量，并支持组间比较与差异筛选。数据表可直接用于后续统计与作图，结果也便于与 tRNA 测序或 qPCR 验证相互对照。

研究应用

tRNA 表达谱筛选：在较多样本中快速比较 tRNA 表达差异，锁定候选分子。
密码子偏好研究：从 isoacceptor 层面分析 tRNA 供应与密码子使用的匹配关系。
同反密码子内部差异：通过 isodecoder 层面观察同一反密码子下不同 tRNA 的表达变化。
芯片与测序互验：用芯片对测序发现的候选 tRNA 做独立定量验证。
产品配套使用：配合 rtStar™ 引物与试剂盒完成验证实验。
多平台组合：与修饰检测、氨酰化分析组合，从多个层面描述 tRNA 状态。

常见问题

isoacceptor 与 isodecoder 有什么区别？

isoacceptor 指携带同一种氨基酸但反密码子不同的 tRNA，它们对应不同的密码子；isodecoder 指反密码子相同、但其余序列存在差异的 tRNA。前者常用于分析密码子偏好与翻译效率，后者更关注同一解码能力下不同 tRNA 分子的表达差异，两者在本产品中都会给出。

芯片和测序应该怎么选？

两者的适用场景不同。芯片聚焦已知的 tRNA 类群，定量稳定、流程短，适合样本较多、目标明确的比较研究；测序可以覆盖参考库中的全部 tRNA，并附带更完整的序列与结构注释，适合探索性研究。如果研究需要同时了解成熟 tRNA 与其来源片段，通常会把芯片与测序组合使用。

支持哪些物种？

目前提供人（Human）与小鼠（Mouse）两个版本，各自覆盖 185 个 tRNA。若研究使用其它物种，可以联系我们讨论是否有适用的检测方案。

为什么要配套使用去甲基化预处理试剂盒？

tRNA 上的甲基化修饰会在逆转录阶段造成延伸终止或碱基错配，影响 cDNA 产量与定量准确性。预处理试剂盒用于在建库或逆转录前去除这些修饰屏障，使各 tRNA 的检测效率更接近，从而获得更可靠的表达谱结果。

结果能否与测序结果对照？

可以。芯片与测序给出的都是相对表达量，两者在趋势上可以相互验证。实际项目中常见做法是先用芯片在大样本中筛选，再用测序对关键样本或关键 tRNA 做进一步分析，两者的结果可以并列呈现。

芯片结果包含哪些内容？

结果包含各 tRNA 在 isoacceptor 与 isodecoder 两个层面的相对表达量、组间比较结果，以及数据表与图形化展示。数据表便于后续统计分析与作图。

参考文献

[1] Dittmar KA, et al. Tissue-specific differences in human transfer RNA expression. PLoS Genet 2(12), e221 (2006). PMID: 17194224
[2] Pavon-Eternod M, et al. tRNA over-expression in breast cancer and functional consequences. Nucleic Acids Res 37(21), 7268-7280 (2009). PMID: 19783824
[3] Gingold H, et al. A dual program for translation regulation in cellular proliferation and differentiation. Cell 158, 1281-92 (2014). PMID: 25215487
[4] Goodarzi H, et al. Modulated expression of specific tRNAs drives gene expression and cancer progression. Cell 165, 1416-27 (2016). PMID: 27259150
[5] Ishimura R, et al. Ribosome stalling induced by mutation of a CNS-specific tRNA causes neurodegeneration. Science 345(6195), 455-459 (2014). PMID: 25061210