研究挑选 JIMT-1 相对 HBL-100 与 SKBR3 最明显的 5 个上调、1 个下调片段做原样本 qPCR 验证，与测序结果一致；最后扩大临床样本（28 例曲妥单抗敏感、29 例耐药）做 qPCR，并用 ROC 曲线与无进展生存曲线评估标志物价值。 《Cellular Physiology and Biochemistry》（IF: 5.104），2018 年 8 月
期刊与年份：《Cellular Physiology and Biochemistry》（IF: 5.104），2018 年 8 月
研究团队：南京医科大学第一附属医院肿瘤科殷咏梅教授团队
主要结论：测序在三株细胞间检出 6309 个 tRNA 片段，998 个差异在两倍以上（图1）；挑出的 6 个片段经原样本 qPCR 复现了测序结果（图2），说明差异真实存在。
成果 2018 年 8 月发表在《Cellular Physiology and Biochemistry》（IF: 5.104），研究中的 tRF&tiRNA 测序由数谱生物提供技术服务。
研究背景
约 20%–25% 的乳腺癌患者存在 HER-2 表达上调，且与不良预后相关。曲妥单抗作为针对 HER-2 的单克隆抗体能显著延长生存期，但多数患者在治疗一段时间后会产生耐药，因此"耐药是怎么发生的、能否提前识别"成了临床的迫切问题。tRF（15–30 nt）与 tiRNA（30–35 nt）是 Dicer、ANG 等核酸酶在特定细胞、组织或应激条件下精确切割 tRNA 产生的小非编码 RNA。它们的功能已被多项研究揭示：可作为 miRNA 参与 RNA 干扰、替换 eIF4G 直接抑制翻译、结合 YBX1 等蛋白影响 mRNA 稳定性、与细胞色素 C 互作调控凋亡、在应激下促进应激颗粒组装、敏化 p53 依赖的细胞死亡，还能作为父代表观遗传因子影响子代转录。由于稳定性高、特异性好，它们也具备作为预后标志物的条件。
研究设计与方法
南京医科大学第一附属医院肿瘤科殷咏梅教授团队先比较人乳腺癌细胞系 SKBR3 与 JIMT-1 对曲妥单抗的应答，发现 SKBR3 更敏感；随后对正常乳腺细胞 HBL-100 与两株癌细胞取样做 tRF&tiRNA 测序，共检出 6309 个 tRNA 片段，其中 998 个差异超过两倍。研究挑选 JIMT-1 相对 HBL-100 与 SKBR3 最明显的 5 个上调、1 个下调片段做原样本 qPCR 验证，与测序结果一致；最后扩大临床样本（28 例曲妥单抗敏感、29 例耐药）做 qPCR，并用 ROC 曲线与无进展生存曲线评估标志物价值。成果 2018 年 8 月发表在《Cellular Physiology and Biochemistry》（IF: 5.104），研究中的 tRF&tiRNA 测序由数谱生物提供技术服务。
主要发现
一、耐药细胞与敏感细胞的片段谱差异明显。测序在三株细胞间检出 6309 个 tRNA 片段，998 个差异在两倍以上（图1）；挑出的 6 个片段经原样本 qPCR 复现了测序结果（图2），说明差异真实存在。
二、两个 tRF 在耐药患者中升高。在 28 例敏感与 29 例耐药患者的临床样本中，tRF-30-JZOYJE22RR33 与 tRF-27-ZDXPHO53KSN 在耐药患者中表达上调（图3）。
三、与更差的无进展生存相关。ROC 与无进展生存曲线分析显示，这两个 tRF 的高表达对应更差的无进展生存期（图4），提示它们可作为曲妥单抗耐药的预后标志物。
这项工作的意义
研究用 tRF&tiRNA 测序在 HER-2 阳性乳腺癌细胞中找出了一批与曲妥单抗耐药相关的片段（998 个差异超过两倍），并把 tRF-30-JZOYJE22RR33 与 tRF-27-ZDXPHO53KSN 推到台前：它们在耐药患者中升高、与更短的无进展生存相关，既可作为耐药预警的候选标志物，也可作为后续干扰验证的靶点。