tRNA 第 58 位高度保守的 m¹A 修饰由 TRMT6-TRMT61A 添加，近年被发现与多种肿瘤相关，但它在三阴性乳腺癌中的作用一直不明确。 2025
期刊与年份：《Advanced Science》（IF: 14.1），2025 年 12 月
研究团队：郑州大学附属肿瘤医院团队
主要结论：一、TRMT6 在 TNBC 中高表达且预示不良预后。
该成果于 2025 年 12 月发表于《Advanced Science》（IF: 14.1），研究中的 m¹A tRNA MeRIP-seq 由数谱生物提供技术服务。
研究背景
三阴性乳腺癌（TNBC）是乳腺癌中侵袭性最强的亚型，增殖快、易转移、预后差。由于缺乏雌激素受体、孕激素受体与 HER2 表达，治疗选择有限，转移性患者的中位生存期只有 12–15 个月，寻找新靶点的需求很迫切。tRNA 第 58 位高度保守的 m¹A 修饰由 TRMT6-TRMT61A 添加，近年被发现与多种肿瘤相关，但它在三阴性乳腺癌中的作用一直不明确。
研究设计与方法
郑州大学附属肿瘤医院团队把上游的表观遗传调控与下游的翻译、代谢串起来研究：先分析 TRMT6 的表达模式与临床相关性，再通过敲除与过表达观察细胞表型；随后用 ChIP 系列实验寻找上游调控因子，并把 m¹A tRNA MeRIP-seq（tRNA 修饰测序）、Ribo-seq、RNA-seq 与 DIA 蛋白质谱结合起来定位下游靶点，最后用铁死亡激动剂 RSL3 与体内成瘤实验验证机制。该成果于 2025 年 12 月发表于《Advanced Science》（IF: 14.1），研究中的 m¹A tRNA MeRIP-seq 由数谱生物提供技术服务。
主要发现
一、TRMT6 在 TNBC 中高表达且预示不良预后。数据库分析显示 TRMT6 mRNA 在乳腺癌组织、尤其是 TNBC 中明显上调（图1A）；KM 生存分析表明高表达者预后更差（图1B）；RT-qPCR 与 Western blot 在组织与细胞系中验证了这一点（图1C）；Dot blot 显示 TNBC 组织里 tRNA 上的 m¹A 修饰增加（图1D）。
图1. A. TRMT6在TNBC中上调。B. TRMT6高表达与预后差密切相关。C. RT-qPCR验证TRMT6在TNBC上调。D. Dot blot显示tRNA m1A修饰在TNBC升高。
二、TRMT6 改变 TNBC 细胞表型。在 MDA-MB-231 与 Hs578T 中过表达 TRMT6，细胞增殖与迁移侵袭增强、凋亡受抑、细胞周期推进（图2A）；用 siRNA 干扰后则增殖与迁移受抑、凋亡增加并出现 G0/G1 阻滞（图2B）。
图2. A. TRMT6过表达促进TNBC细胞CRC细胞增殖，抑制凋亡，促进细胞周期，促进转移侵袭；B. TRMT6干扰抑制TNBC细胞CRC细胞增殖，促进凋亡，导致G0/G1期阻滞，抑制转移侵袭。
三、上游由 WDR5-H3K4me3 轴驱动。组蛋白修饰富集分析显示 TRMT6 启动子区以 H3K4me3 富集最强，ChIP-qPCR 予以验证（图3A、3B）；敲低 HMT 复合物亚基 WDR5 后，TRMT6 的 mRNA、蛋白水平以及 H3K4me3 修饰一并下降（图3C、3D）。也就是说，TNBC 中 TRMT6 的高表达受 WDR5 介导的 H3K4me3 调控。
图3.A.ChIP-seq证明H3K4me3在TRMT6启动子富集；B. ChIP-PCR证明干扰WDR5影响TRMT6启动子H3K4me3水平；CD. qPCR/WB证明干扰WDR5抑制TRMT6 mRNA和蛋白水平。
图4. A. m¹A tRNA Merip-seq(tRNA修饰测序)发现TRMT6增加AlaCGC和AsnGTT等的m1A丰度。BC. Ribo-seq显示TE差异基因。C. 密码子占用分析发现m1A tRNA解码的密码子占用降低。 D. KEGG分析发现TE差异基因富集于铁死亡等通路。 E. Venn图显示Ribo-seq上调、RNA-seq不变、蛋白质谱上调的交集。F. FTH1的Ribo-seq和RNA-seq可视化峰图。G. FTH1密码子突变影响其蛋白表达。
四、下游通过 m¹A 修饰提高 FTH1 翻译。过表达 TRMT6 可整体上调 tRNA 的 m¹A 水平并促进新生蛋白合成；m¹A tRNA MeRIP-seq 显示特定 tRNA 的 m¹A 丰度上升，如 AlaCGC 与 AsnGTT（图5A）。双荧光素酶实验证明，敲低 TRMT6 会降低 tRNA-AlaCGC 的 m¹A 修饰，从而抑制 GCG 密码子的翻译效率。Ribo-seq 与 RNA-seq 的联合分析发现 617 个 mRNA 的翻译效率上升、730 个下降（图6A）；过表达组中核糖体 A 位点的密码子占据普遍降低，以 m¹A tRNA 解码的 Ala（GCA/GCC/GCG/GCU）与 Asn（AAC/AAU）密码子最明显（图6B）。富集分析把翻译效率上调的基因指向铁代谢与细胞增殖通路，其中铁蛋白重链 1（FTH1）的 RNA 水平未变、蛋白与翻译水平显著升高（图6G、6H）；密码子突变实验进一步显示，改动 Asn 或 Ala 密码子会影响 FTH1 的蛋白表达（图6K、6L）。
图5. A-F.TRMT6通过上调FTH1影响铁死亡，导致Fe²⁺和ROS升高，减少脂质ROS积累，维持GSH水平，影响TNBC增殖等表型。
图6. TRMT6影响tRNA m1A修饰及TNBC肿瘤进展的作用机制图
五、通过抑制铁死亡推动恶性进展。用铁死亡激动剂 RSL3 处理时，过表达 TRMT6 的细胞凋亡更少，Fe²⁺ 与 ROS 的异常升高被削弱，脂质 ROS 积累减少、GSH 水平得以维持；在 TRMT6 过表达的基础上再敲低 FTH1，则 Fe²⁺、ROS、MDA 与脂质 ROS 回升、GSH 下降，同时逆转了过表达带来的增殖与迁移优势并诱导凋亡（图4A–4E）。体内实验中，过表达 TRMT6 的荷瘤小鼠肿瘤更重更大，而 RSL3 给药组的生长速率显著放缓（图4F）。
这项工作的意义
研究把"WDR5-H3K4me3 → TRMT6 → tRNA m¹A 修饰 → FTH1/FTL 翻译 → 铁死亡抵抗"这条链路完整连起来，解释了 TNBC 中 tRNA m¹A 修饰为何会推动恶性进展，也提示 TRMT6 是一个有前景的治疗靶点：在 TRMT6 高表达的肿瘤中，用 RSL3 类药物增强脂质过氧化与铁死亡可以抑制肿瘤生长。