m6A单碱基分辨率芯片

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  • Arraystar m6A单碱基分辨率芯片利用RNA酶MazF对m6A敏感的特性,可在单碱基分辨率水平定位m6A位点,并对其进行定量。该芯片具有其它现存技术难以企及的优势,是研究m6A动态变化、生物学功能以及疾病相关性的强大工具。Arraystar m6A 单碱基分辨率芯片技术拥有以下多种传统m6A-Seq分析技术所不具备的优点:

    • 一种检测m6A的正交实验方法:与以m6A抗体免疫共沉淀为基础的MeRIP或miCLIP等技术不同,芯片首次提供了一种不依赖于抗体的m6A系统性检测方法。点击了解详情>>

    • 单碱基分辨率水平定位m6A位点:MeRIP-Seq技术的分辨率在100~200 nt左右,不能精准定位m6A,而芯片利用MazF酶,可在单碱基分辨率水平,准确检测m6ACA位点。点击了解详情>>

    • 定量m6A修饰:芯片可对m6ACA位点进行定量,解决了检测m6A动态变化这个长期未得到满足的科研需求。点击了解详情>>

    • 样本需求量少:与MeRIP-Seq需要> 120 ug RNA相比,芯片对总RNA的要求量可低至1 ug,适用于稀有样本,珍贵病理样本,尤其是组织部位、低产量的筛选细胞以及小的动物模型等样本。点击了解详情>>

    • 可靠的位点收集与系统性注释:Arraystar建立了特殊的收集注释流程,对Single-ACA、Poly-ACA和Cluster-ACA上的可定量m6A位点进行了可靠收集和系统性注释。了解这些m6A位点的功能意义,请点击此处。

    Aksomics(原康成生物)是Arraystar中国区唯一代理商,独家为您提供Arraystar公司m6A单碱基分辨率芯片全程一站式技术服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,Aksomics的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并提供完整的实验报告。同时,根据您的研究需要,Aksomics还提供各种深入数据挖掘服务。


    Arraystar m6A单碱基分辨率芯片产品列表

    服务 芯片 规格 描述
    Human m6A 单碱基分辨率芯片服务 Arraystar Human m6A单碱基分辨率芯片 8×15K 11,237个单一m6A位点; 3,084个多聚m6A位点; 693个成簇m6A位点
    Mouse m6A单碱基分辨率芯片服务 Arraystar Mouse m6A单碱基分辨率芯片 8×15K 11,120个单一m6A位点; 3,199个多聚m6A位点; 279个成簇m6A位点
    Rat m6A单碱基分辨率芯片服务 Arraystar Rat m6A单碱基分辨率芯片 8×15K 11,499个单一m6A位点; 3,082个多聚m6A位点; 2614个成簇m6A位点


  • RNA酶MazF可识别单链RNA上的ACA序列,并在第一个A的5’端进行切割,而如果第一个A携带m6A修饰(即m6ACA),则不能发生切割[5, 10](图1)。对经过MazF酶处理,因具有m6ACA序列而未被切割的RNA片段,以及未经MazF酶处理的Input RNA,进行双色标记,然后与Arraystar单碱基分辨率芯片杂交,从而得到单碱基分辨率水平的m6A定量值(图2)。该技术不依赖于半定量的m6A抗体免疫共沉淀技术,因此定量更加准确。


    MazF 酶切割未甲基化的(ACA)序列而不切割甲基化的(m6ACA)序列

    图 1. MazF 酶切割未甲基化的(ACA)序列而不切割甲基化的(m6ACA)序列。


    Arraystar单碱基分辨率芯片实验流程包括:


    • 总RNA片段化处理与DNase消化;

    • MazF酶处理,切割未甲基化的(ACA)序列而保留完成的甲基化(m6ACA)序列。等份的未经MazF酶处理的RNA作为Input;

    • 加入外参RNA Spike-ins,用作杂交信号校正;

    • 分别合成cRNA,Cy5(红光)标记MazF酶处理的样本,Cy3(绿光)标记未经MazF酶处理的样本;

    • 将两种荧光标记的cRNA混合,并与Arraystar单碱基分辨率芯片杂交;

    • 双色信号通道芯片数据分析与注释。



    Arraystar单碱基分辨率芯片实验流程

    图2. Arraystar单碱基分辨率芯片实验流程。

  • Arraystar m6A 单碱基分辨率芯片 Human Mouse Rat
    芯片规格 8 x 15K 8 x 15K 8 x 15K
    探针总数 14,321 14,319 14,581
    探针长度 60nt 60nt 60nt
    单一m6ACA 位点 11,237 11,120 11,499
    多聚m6ACA 位点 3,084 3,199 3,082
    成簇m6ACA 位点 693 279 2,614
    m6ACA位点来源 miCLIP dataset (Linder et al., 2015; Ke et al., 2015; Xu et al., 2017; Chen et al., 2015); RMbase database (Schwartz et al., 2013) miCLIP dataset (Linder et al., 2015; Ke et al., 2015; Xu et al., 2017; Chen et al., 2015); RMbase database (Schwartz et al., 2013) Mouse M6ACA site homologs (Linder et al., 2015; Ke et al., 2015; Xu et al., 2017; Chen et al., 2015); RMbase database (Schwartz et al., 2013)
  • m6A单碱基分辨率芯片结果提供丰而详细的生物信息学分析与注释,包括单碱基m6A化学计量、m6A定位、位点类型(Single-, Multiple-, clustered m6A位点)、转录本区域等等。它们是理解m6A动态变化、生物学功能、分子机制和疾病相关性的必要信息,是目前其它技术所无法提供的。