RNA m6A甲基化测序

  • 简介
  • 服务特点
  • 实验流程
  • 结果展示
  •        m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种甲基化修饰,同时可以功能性的调节真核生物的转录组从而影响mRNA的剪接、出核、定位、翻译和稳定。m6A RNA出现在多种重要的细胞生命过程中,意味着mRNA甲基化参与了多种生物学过程,如干细胞分化、生物节律等,同时也参与了多种疾病的发生,包括肿瘤、肥胖和不育等。


     


    图1:m6A甲基化和去甲基化示意图


           目前对m6A的转录组研究方法为MeRIP-seq(mRNA甲基化测序)的方法,其原理是通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,将富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析,即可在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究。

  • 灵活度高:能够直接对任意物种的转录组高甲基化片段进行测序,无需已知的基因组序列信息。
    检测范围广:覆盖整个转录组范围的甲基化区域。
    精确度高:能够在实际结合位点100-200个碱基范围内精确定位。
    数字化信号:直接对甲基化片段进行定量和测序,不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。

  •   2MeRIP-seq实验流程图 


  • 1.m6A甲基化峰分析


      

    表1:m6A甲基化谱数据列表


    2.m6A甲基化峰注释
           利用最新的RefSeq数据库,每个峰通过与其最邻近基因位置关系对甲基化峰进行注释,分成:外显子峰,内含子峰,非翻译区峰,基因间m6A峰。

    图3:m6A甲基化峰分布图。


    3. m6A甲基化峰的可视化

           m6A甲基化测序结果中的wig文件能够上传到基因组浏览器中,以便进行m6A信号区域的可视化。

    图4:可视化分析