nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR芯片-康成生物丨数谱生物

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相关服务
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tRNA相关研究背景介绍

nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR芯片

描述
芯片特点
工作流程
数据库
说明书

       转运RNA（Transfer Ribonucleic Acid，tRNA）是生物体内含量最为丰富的短链非编码RNA分子。它携带并转运氨基酸，参与蛋白翻译，是连接mRNA与蛋白质的重要桥梁。尽管tRNA广泛存在于生物体内，但不同机体基因组对于特定密码子的偏好性不同，从而导致tRNA表达谱的差异。密码子偏好性影响翻译效率和精确性[1-3]。因此，tRNA表达谱的改变对多种细胞生理过程有着显著影响。细胞增殖[4]、分化[4, 5]和凋亡[6]等一系列生命活动都伴随着tRNA水平的变化。另外，许多疾病也显示出tRNA水平和分布的紊乱。系列研究表明，tRNA谱的紊乱和肿瘤[5, 7-14]、Ⅱ型糖尿病[15]、亨廷顿舞蹈症[16]、甲型H1N1流感[17]、天花[17]以及HIV感染[18]等疾病病理活动密切相关。因此，tRNA谱的研究对于深入了解人体生理及病理过程十分关键。
       PCR芯片是研究特定类群基因最为可靠的手段。Arraystar nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array包含66对细胞核tRNA引物和22对线粒体tRNA引物，覆盖了GtRNAdb和tRNAdb两个数据库的所有反密码子信息。此芯片是研究人类tRNA谱方便有效的工具。
       为了保证数据的可信度，PCR芯片采用3个短链非编码RNA作为内参对照，使用RNA Spike-in对cDNA合成和PCR效率进行评估。同时，芯片包含的基因组DNA对照(genomic DNA control，GDC)可以监控实验过程中基因组DNA污染。另外，PCR阳性对照(positive PCR control, PPC)能够有效的评估PCR效率，并进行板间校正，消除不同批次芯片板之间的实验误差。
       众所周知，tRNA具有大量种类繁多的转录后修饰，这些修饰对tRNA发挥功能起着关键作用。然而，这些修饰会严重影响tRNA cDNA的合成质量。Arraystar公司专门开发的tRNA反转录试剂盒(rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit)，能够有效消除这些修饰对cDNA合成的影响，极大提高tRNA cDNA质量。与该试剂盒组合使用，研究人员能够获得更为真实的tRNA谱的变化状况，为研究蛋白质组或tRNA来源片段(tRFs)提供重要信息。在后续研究中，敲低tRNA[19]或过表达tRNA [5, 20, 21]可以进一步揭示tRNA谱在细胞生命活动中的作用。其他用于研究非编码RNA的相关技术也适用于tRNA的后续研究。

产品列表

产品名称	规格	描述
nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array	2 plate	包含66对细胞核tRNA引物和22对线粒体tRNA引物
nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array	6 plate
nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array	12 plate

● 囊括了GtRNAdb和tRNAdb两数据库中的所有细胞核和线粒体反密码子信息
● 涵盖了实时荧光定量PCR所能够区分的所有tRNA信息
● 利用AlkB酶处理来降低tRNA修饰对于cDNA合成的影响
● 在大量组织与细胞中验证有效的引物
适用实时定量荧光PCR仪：
ABI ViiA™ 7, ABI 7500 & ABI 7500 FAST, ABI 7900HT, ABI QuantStudio™ 6 Flex Real-Time PCR system, ABI QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR system, ABI QuantStudio™ 12K Flex Real-Time PCR System, Bio-Rad CFX384, Bio-Rad iCycler & iQ Real-Time PCR Systems, Eppendorf Realplex, QIAGEN Rotor Gene Q 100, Roche LightCycler 480, Stratagene Mx3000, Roche LightCycler 480
tRNA反密码子信息(GtRNAdb和tRNAdb数据库):
细胞核tRNAs (66):
Ala-AGC,Ala-CGC,Ala-GGC,Ala-TGC,Arg-ACG,Arg-CCG,Arg-CCT,Arg-TCG,Arg-TCT,Asn-ATT,Asn-GTT,Asp-ATC,Asp-GTC,Cys-GCA,Gln-CTG-1,Gln-CTG-2,Gln-TTG-1,Gln-TTG-2,Glu-CTC,Glu-TTC,Gly-CCC,Gly-CCC-1,Gly-GCC,Gly-TCC,His-GTG,Ile-AAT,Ile-TAT,Ini-CAT,Leu-AAG,Leu-CAA,Leu-CAG,Leu-TAA,Leu-TAG,Lys-CTT-1,Lys-CTT-2,Lys-TTT,Met-CAT,Phe-GAA,Pro-AGG,Pro-CGG,Pro-GGG,Pro-TGG,Sec-TCA,Ser-ACT,Ser-AGA,Ser-CGA,Ser-GCT,Ser-GGA,Ser-TGA,Sup-CTA,Sup-TTA,Thr-AGT-1,Thr-AGT-2,Thr-CGT,Thr-TGT-1,Thr-TGT-2,Trp-CCA,Tyr-ATA,tyr-GAT,Tyr-GTA,Val-AAC,Val-CAC-1,Val-CAC-2,Val-CAC-3,Val-TAC-1,Val-TAC-2,
线粒体tRNAs (22):
mt-Ala-TGC,mt-Arg-TCG,mt-Asn-GTT,mt-Asp-GTC,mt-Cys-GCA,mt-Gln-TTG,mt-Glu-TTC,mt-Gly-TCC,mt-His-GTG,mt-Ile-GAT,mt-Leu-TAA,mt-Leu-TAG,mt-Lys-TTT,mt-Met-CAT,mt-Phe-GAA,mt-Pro-TGG,mt-Ser-GCT,mt-Ser-TGA,mt-Thr-TGT,mt-Trp-TCA,mt-Tyr-GTA,mt-Val-TAC,
康成使用Arraystar的芯片为客户提供服务，以下为相关资料:

产品说明书：Manual_nrStar™_Human_tRNA_Repertoire_PCR_Array_v1.05

分析工具： Analysis_tool_for_nrStar™_Human_tRNA_repertoire_PCR_Array_v1.0

分析工具说明书： Instructions_of_Human_tRNA_qPCR_data_analysis_tool

nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR芯片

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