nrStar™ Human snoRNA PCR芯片

• 描述
• 芯片特点
• 工作流程
• 数据库
• 说明书

•        nrStar™ Human snoRNA PCR Array是目前市场上研究核仁小RNA的最新最全的PCR芯片。此PCR芯片包含359个权威数据库来源的snoRNA，覆盖了所有PCR技术可区分的核仁小RNA，是进行snoRNA表达检测与功能研究必不可少的工具。 

  产品列表

  产品名称	物种	规格	描述
  nrStar™ Human snoRNA PCR Array	Human	1 Plate	359条snoRNA、7条snoRNA靶向snRNA以及4条snoRNP复合物成员mRNA

       

         核仁小RNA (snoRNA)是一类中等长度的非编码小RNA，其长度60-400nt不等，与核仁核糖核蛋白结合形成snoRNPs复合物发挥功能。在脊椎动物中，核仁小RNA的编码基因主要存在于蛋白编码基因的内含子区，经转录加工处理形成成熟的核仁小RNA分子。snoRNA参与多种生物学过程，比如rRNA的加工处理，RNA剪接和翻译，以及氧化应激反应的调控。snoRNA主要通过snoRNPs复合物来发挥作用。通过snoRNA碱基互补识别靶基因特定位点，snoRNPs复合物催化这些位点的2’-O甲基化或假尿嘧啶化反应。根据snoRNA结构与功能的不同，可以将snoRNA分为两大类：负责2’-O甲基化的box C/D snoRNA和负责假尿嘧啶化的box H/ACA snoRNA。另外，还存在一类比较特殊的snoRNA- scaRNAs (它们具有类似box C、box D或者box H、box ACA结构，特异表达于small Cajal body)。snoRNA可以产生更小片段的非编码RNA-sdRNA。sdRNA与miRNA类似，能够通过调节mRNA的稳定性来发挥作用。

         多项研究表明，snoRNA在肿瘤中异常表达，并在肿瘤的转移过程中扮演着重要角色。在乳腺癌和前列腺癌中，SNORD50A发生了2个碱基的缺失突变，并且其拷贝数明显降低，因此被认为是抑癌基因。有趣的是，H/ACA box snoRNA SNORA42在肺癌中作为癌基因存在，抑制SNORA42的表达具有明显的抗癌作用。C/D box snoRNAs的表达水平常伴随肿瘤的发生而增加。有一些C/D box snoRNAs可以作为疾病的分子标志物，比如SNORD44和SNORD43与乳腺癌的不良预后相关。snoRNA在神经退行性疾病的发生发展过程也发挥着关键作用。snoRNAs在血液、痰液以及尿液中稳定存在，使其作为疾病分子诊断标志物方面具有巨大的前景。目前，snoRNA已经成为疾病领域特别是癌症领域里的研究热点。
         nrStar™ Human snoRNA PCR芯片包括359条snoRNA、7条snoRNA靶向snRNA以及4条snoRNP复合物成员mRNA。此PCR芯片覆盖了所有PCR技术可区分的snoRNA，能够快速方便的检测出组织、细胞以及血液中的snoRNA的表达情况。它还可应用于疾病分子标志物的高通量筛选和验证。
         为了确保数据质量，此芯片包含8个内参基因用于数据的均一化处理。此芯片还使用RNA Spike-in，PCC和GDC对照组来检测cDNA合成效率，PCR扩增效率和基因组DNA污染。

• ● 最佳覆盖范围覆盖—所有PCR技术可区分的snoRNA
  ● 无与伦比的灵敏度—只需50ng总RNA，无需扩增
  ● 稳定有效的PCR引物—所有的snoRNA引物均在不同的细胞组织样本中通过严格验证
  ● 简单快速—只需将cDNA与SYBR® Green master mix混合，加入板中，然后运行qPCR，4小时之内就能得到实验结果
  ● 疾病分子标志物筛选—适用于疾病分子标志物的高通量筛选和验证
  
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   图1. nrStar™ Human snoRNA PCR Array工作流程

  适用的定量PCR仪：
  ABI ViiA™ 7，ABI 7500 & ABI 7500 FAST，ABI 7900HT，ABI QuantStudio™ 6 Flex，Real-Time PCR system，ABI QuantStudio™ 7 Flex Real-Time PCR system，ABI QuantStudio™ 12K Flex Real-Time PCR System，Bio-Rad CFX384，Bio-Rad iCycler & iQ Real-Time PCR Systems，Eppendorf Realplex，QIAGEN Rotor Gene Q100，Roche LightCycler480，Stratagene Mx3000，Roche LightCycler480

• SnoPY：http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/
  snoRNA-LBME-db：https://www-snorna.biotoul.fr//
  C/D BOX(213)
  SNORD4A; SNORD5; SNORD6; SNORD7; SNORD8; SNORD9; SNORD10; SNORD119; SNORD121A; SNORD121B; SNORD123; SNORD124; SNORD126; SNORD127; SNORD1A; SNORD1B; SNORD1C; SNORD2; SNORD101; SNORD102; SNORD103; SNORD103B; SNORD104; SNORD105; SNORD105B; SNORD12C; SNORD13; SNORD14A; SNORD14B; SNORD15A; SNORD15B; SNORD16; SNORD18A; SNORD18B; SNORD18C; SNORD20; SNORD21; SNORD22; SNORD24; SNORD25; SNORD26; SNORD27; SNORD28; SNORD3; SNORD30; SNORD31; SNORD32A; SNORD32B; SNORD33; SNORD34; SNORD35A; SNORD35B; SNORD36A; SNORD36B; SNORD36C; SNORD37; SNORD38A; SNORD38B; SNORD41; SNORD42A; SNORD42B; SNORD43; SNORD4B; U97; SNORD96B; SNORD96A; SNORD95; SNORD94; SNORD86; SNORD84; SNORD83B; SNORD83A; SNORD117; SNORD82; SNORD81; SNORD80; SNORD118; SNORD78; SNORD77; SNORD76; SNORD75; SNORD73a; SNORD63; SNORD62B; SNORD61; SNORD60; SNORD59B; SNORD59A; SNORD58B; SNORD58C; SNORD57; SNORD56; SNORD55; SNORD54; SNORD53; SNORD52; SNORD51; SNORD50; SORD50B; SNORD48; SNORD47; SNORD46; SNORD45A; SNORD45B; SNORD45C; SNORD44; SNORD12; SNORD12B; SNORD112; SNORD113-1; SNORD114-1; SNORD17; SNORD19; SNORD19B; SNORD23; SNORD65; SNORD66; SNORD67; SNORD88A/B/C; SNORD68; SNORD69; SNORD70; SNORD71; SNORD72; SNORD85; SNORD87; SNORD90; SNORD91A; SNORD91B; SNORD92; SNORD93; SNORD98; SNORD99; SNORD100; SNORD109A/B; SNORD115-1; SNORD110; SNORD111; SNORD111B; SNORD116-1; SNORD11; SNORD11B; SNORD12; SNORD12B; SNORD113-2; SNORD113-4；SNORD113-5; SNORD113-6; SNORD113-7; SNORD113-8; SNORD113-9/ SNORD113-3; SNORD114-10/18; SNORD114-11; SNORD114-12/14; SNORD114-13; SNORD114-15/3/5/21/23/25/26; SNORD114-17/4; SNORD114-19; SNORD114-2; SNORD114-20/21/22/28; SNORD114-24; SNORD114-29/30; SNORD114-31; SNORD114-6/9; SNORD114-7; SNORD115-11; SNORD115-12; SNORD115-17/18/23; SNORD115-27/29/30; SNORD115-28; SNORD115-36; SNORD115-37; SNORD115-48; SNORD116-11; SNORD116-12/16/17/18/21/22/24; SNORD116-13/14/15/20; SNORD116-19; SNORD116-23; SNORD116-25/26; SNORD116-27/29/30; SNORD116-28; SNORD116-5; SNORD116-6; SNORD116-9; SNORD79; SNORD58A; SNORD49A; SNORD49B; SNORD45BL2; SNORD42BL1; SNORD3@L39; SNORD3@L19; SNORD118L14; SNORD3L3; SNORD118L11; SNORD68L1; SNORD118L9; SNORD3@L37; SNORD74L5; SNORD45BL1; SNORD65L2; SNORD23; SNORD38BL3; SNORD44L1; SNORD74L4; SNORD45BL3; SNORD56L7; SNORD77L3; SNORD41L1; SNORA25L14; SNORD75L2; SNORD114-15L1; U3.41-201; SNORD53L1; SNORD55L1; SNORD62BL1; SNORD51L1 

  H/ACA BOX(122)
  SNORA10; SNORA13; SNORA14A; SNORA14B; SNORA15; SNORA16; SNORA17; SNORA18; SNORA19; SNORA21; SNORA22; SNORA23; SNORA24; SNORA25; SNORA28; SNORA3; SNORA2B; SNORA45; SNORA30; SNORA31; SNORA33; SNORA34; SNORA36; SNORA36B; SNORA37; SNORA38; SNORA39; SNORA4; SNORA41; SNORA42; SNORA43; SNORA44; SNORA46; SNORA48; SNORA49; SNORA5A; SNORA50; SNORA51; SNORA52; SNORA53; SNORA54; SNORA55; SNORA56; SNORA58; SNORA59; SNORA5B; SNORA5C; SNORA6; SNORA60; SNORA61; SNORA77; SNORA80; SNORA80B; SNORA7A; SNORA8; SNORA9; SNORA62; SNORA63; SNORA47; SNORA35; SNORA26; SNORA11B; SNORA11D; SNORA11E; SNORA36C; SNORA38B; SNORA84; SNORA11; SNORA12; SNORA73A; SNORA73B; SNORA74A; SNORA74B; SNORA64; SNORA65; SNORA66; SNORA67; SNORA70; SNORA70B; SNORA70C; SNORA70D; SNORA70E; SNORA70F; SNORA71A; SNORA71B; SNORA72; SNORA99; SNORA71D; SNORA20; SNORA27; SNORA29; SNORA32; SNORA40; SNORA78; HBI-61; SNORA11C; SNORA68; SNORA69; SNORA16B; SNORA1; SNORA72L7; SNORA64L2; SNORA18L1; SNORA62L2; AL137790.4; SNORA11DL1; SNORA51L11; SNORA10L1; SNORA12L2; SNORA11EL1; SNORA70BL6; SNORA20L1; SNORA63L9; SNORA18L2; SNORA20L4; SNORA11BL2; SNORA67L1; SNORA32L2; SNORA2AL1; SNORA43L2; SNORA12L1; SNORA62L4

  Cajal body-specific scaRNAs(24)
  SCARNA18; HTR; HBII-382; SCARNA13; SCARNA8; SCARNA17; SCARNA7; SCARNA12; SCARNA6; SCARNA5; SCARNA10; SCARNA14; mgU2-25/61; SCARNA9; mgU12-22/U4-8; HBI-100; ACA68; ACA66; SCARNA11; SCARNA16; SCARNA1; SCARNA4; SCARNA23; SCARNA22

• 康成使用Arraystar的芯片为客户提供服务，以下为相关资料:

  产品说明书：   Manual_nrStar™_Human_snoRNA_PCR_Array_v1.01

  分析工具： Analysis Tool for nrStar™ Human snoRNA PCR Array

  分析工具说明书： Instructions of snoRNA qPCR data analysis tool