环状RNA芯片

• 简介
• 芯片特点
• 实验流程
• 客户案例
• SCI成果

•        环状RNA（circRNA）是一类由特殊剪接机制形成的、具有闭合环状结构、大量存在于真核转录组中的非编码RNA；也是目前生命科学和医学领域的研究热点分子。circRNA分子的组织特异性、疾病特异性、时序特异性及高稳定性等特征，使得circRNA作为临床疾病的biomarker具有明显的优势。近来研究显示，环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用，称之为竞争性内源RNA（ceRNA），即能竞争性结合miRNA。而与疾病关联性miRNA的相互作用说明环状RNA对疾病的调控起着非常重要的作用。此外，一些内含子类型的环状RNA（ciRNA）会促进宿主基因的转录。
         为了能够更好地研究circRNA，美国Arraystar公司在全球首款circRNA芯片基础上迅即升级版本为V2.0。其circRNA来源融合了环状RNA研究的最新顶尖文献，所有cicrRNA都经过了严谨的实验验证，以便于对不同生理及病理条件下的circRNA进行系统的研究。同时我们对所有差异表达的circRNA用高匹配值的miRNA靶标位点进行了标注，这将有利于对circRNA作为天然miRNA海绵功能的进行研究。

  康成生物是Arraystar公司中国地区唯一代理商，为您提供一站式circRNA芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，康成的技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。

  Arraystar公司circRNA芯片产品列表

  
  

  服务	芯片	规格	描述
  Human circular RNA Microarray Service	Human circular RNA Array V2.0	8x15K	13,617 human circular RNAs
  Mouse circular RNA Microarray Service	Mouse circular RNA Array V2.0	8×15K	4,236 Mouse circular RNAs
  Rat circular RNA Microarray Service	Rat circular RNA Array V2.0	8×15K	14,145 Rat circular RNAs

• ● 全面、系统的circRNA收集：circRNA研究领域顶尖期刊和权威公共数据库，运用强大的信息筛选系统，挑选出最可靠的circRNA。

  ● 高效、精准的circRNA检测：剪接位点特异性探针与Rnase R预处理双重保障，即便相应线性RNA存在也能特异性检测circRNA。

  ● 严谨、可靠的Spike-in对照：在RNA样品中加入一组由ERCC (External RNA Controls Consortium)开发的外源性RNA，可对RNA扩增，标记和芯片杂交过程中产生的实验偏差进行校正，增加样本间结果比较的可靠性。

  ● 详尽、丰富的circRNA注释：Arraystar miRNA靶基因预测软件对circRNA上的保守miRNA的结合位点进行了预测，并对其中匹配分值较高的位点进行了注释（下图）。此外，我们还提供了与circRNA对应的线性mRNA信息。根据信息，客户可以很方便地从不同角度研究circRNA的作用机制和生物功能。

  
  

• 1. 样品RNA抽提
         实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol（Invitrogen），匀浆后抽提RNA。
         实验对象为细胞样品，每份样品取1×106～1×107细胞，完全吸去培养液后加1ml的RNA抽提试剂TRIzol，裂解后抽提RNA。
  2.  RNA质量检测
         使用Nanodrop测定RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度。
         用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳，检测RNA纯度及完整性。
         提供RNA QC报告。
  3. RNase R处理
  4. cDNA/aRNA样品合成和标记
  5. 标记效率质量检测
         使用Nanodrop检测荧光标记效率，标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。
  6. 芯片杂交
         在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。
  7. 图像采集和数据分析
         使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
  8. 提供实验报告：
         • Scanning Image: Cy3荧光扫描图像；
         • Scatter Plot:散点图，X轴为Control信号值，Y轴为Experiment信号值，表示信号数据总体分布趋势；
         • Raw Data:探针的扫描荧光信号强度原始数据；
         • Normalized Data:经过统计学方法标准化后数值；
         • P–value: T-test统计分析显著差异表达的基因，p-value越小，该circRNA在两组样本间差异表达越显著；        

         • Significant Up & Down Regulated CircRNA List:显著差异表达的circRNA列表包含Fold Change, p-value。

  
  

• circRNA在免疫衰老中的相关研究(Comprehensive circular RNA profiling reveals that circular RNA100783 is involved in chronic CD28-associated CD8(+)T cell ageing. Immunity & Ageing, 2015)

         生物机体免疫系统随着年龄的增长而不断恶化，这个过程被称为免疫衰老(immunosenescence)；免疫衰老与系统炎症反应、慢性炎症疾病及癌症发生等密切相关，但目前对引发免疫衰老的机制了解的甚少。该研究通过Arraystar circRNA芯片筛选发现：在健康成人与免疫力低下的老年人的外周血淋巴细胞中，circRNA的表达谱具有明显的差异。在差异表达的circRNA中，研究者通过qPCR验证发现hsa_circRNA_100783可以明显区分两种不同类型的样本，可以作为免疫衰老的biomarker。研究者接着对circRNA可能结合的miRNA进行了靶基因预测，推测circRNA很可能通过调控磷酸蛋白信号转导途径来影响免疫细胞衰老的过程。

• → Circular RNA MTO1 acts as the sponge of miR-9 to suppress hepatocellular carcinoma progression.  Hepatology. 2017

  → A Circular RNA Binds To and Activates AKT Phosphorylation and Nuclear Localization Reducing Apoptosis and Enhancing Cardiac Repair. Theranostics. 2017

  → CircRNA_100290 plays a role in oral cancer by functioning as a sponge of the miR-29 family. Oncogene. 2017

  → Circular RNA_LARP4 inhibits cell proliferation and invasion of gastric cancer by sponging miR-424-5p and regulating LATS1 expression. Molecular Cancer. 2017

  → Comprehensive Circular RNA Profiling Reveals That hsa_circ_0005075, a New Circular RNA Biomarker, Is Involved in Hepatocellular Crcinoma Development. Medicine. 2016

  → CircRNA_000203 enhances the expression of fibrosis-associated genes by derepressing targets of miR-26b-5p, Col1a2 and CTGF, in cardiac fibroblasts. Scientific Reports. 2017

  → Changing expression profiles of lncRNAs, mRNAs, circRNAs and miRNAs during osteoclastogenesis. Scientific Reports. 2016

  → Circular RNA Related to the Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136 'Sponge' in Human Cartilage Degradation. Scientific Reports. 2016

  → Changing expression profiles of lncRNAs, mRNAs, circRNAs and miRNAs during osteoclastogenesis. Scientific Reports. 2016

  → Circular RNA Related to the Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136 'Sponge' in Human Cartilage Degradation. Scientific Reports. 2016

  → Circular RNA expression profile and potential function of hsa_circRNA_101238 in human thoracic aortic dissection. Oncotarget. 2017

  → Circular RNAs signature predicts the early recurrence of stage III gastric cancer after radical surgery. Oncotarget. 2017

  → Circ100284, via miR-217 regulation of EZH2, is involved in the arsenite-accelerated cell cycle of human keratinocytes in carcinogenesis. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Molecular Basis of Disease. 2017

  → Microarray Expression Profile of Circular RNAs in Peripheral Blood Mononuclear Cells from Rheumatoid Arthritis Patients. Cellular Physiology and Biochemistry. 2017

  → Identification of circular RNAs as a promising new class of diagnostic biomarkers for human breast cancer. Oncotarget. 2017

  → Profiling and bioinformatic analysis of circular RNA expression regulated by c-Myc. Oncotarget. 2017

  → CircRNA expression pattern and circRNA-miRNA-mRNA network in the pathogenesis of nonalcoholic steatohepatitis. Oncotarget. 2016

  → Comprehensive analysis of differentially expressed profiles of lncRNAs and circRNAs with associated co-expression and ceRNA networks in bladder carcinoma.Oncotarget. 2016

  → Landscape of RNAs in human lumbar disc degeneration. Oncotarget. 2016

  → CircRNA_100269 is downregulated in gastric cancer and suppresses tumor cell growth by targeting miR‐630. AGING-US. 2017

  → Circular RNA Expression Profile of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Revealed by Microarray. Cellular Physiology and Biochemistry. 2016

  
  

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