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单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
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NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
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基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
瑞士洛桑大学Romano Regazzi教授长期从事糖尿病的基础研究，在糖尿病发病机制研究方面做了很多重要工作。近期，Romano教授课题组应用美国Arraystar公司的Arraystar Mouse LncRNA芯片，发现了受到细胞因子调控并在Ⅰ型糖尿病发病过程中起到重要调控功能的长链非编码RNA --lncRNA-1, -2, -3和-4（统称lncRNAs），在细胞因子刺激下会显著提高这些lncRNAs的表达；功能机制研究发现：目标lncRNA通过促进NF-κB入核，从而促进细胞凋亡，从而加速疾病进程。该研究成果刊登在国际知名期刊Diabetologia (IF=6.88) 上。（芯片实验由Arraystar提供技术服务）
研究背景
Ⅰ型糖尿病是以胰岛β细胞破坏为特征的一种自身免疫性疾病，多发生在儿童和青少年；它的发生发展与胰岛β细胞凋亡密切相关。IL-1β、IFN-γ及TNF-α等细胞因子会影响胰岛β细胞中mRNA、miRNA的表达，进而引起细胞的凋亡；但是lncRNA在胰岛β细胞中是否细胞因子的影响，以及lncRNA在胰岛细胞中的调控作用如何目前并不十分清楚。此外，lncRNA的转录会受到细胞因子的调控，这方面在Ⅰ型糖尿病研究中也鲜有报道。Romano教授课题组利用Arraystar Mouse LncRNA 芯片对受细胞因子调控的lncRNAs在Ⅰ型糖尿病的发病过程中的功能机制进行了初步研究。
研究思路
为了研究lncRNA在Ⅰ型糖尿病发病进程中的作用，作者首先采用Arraystar Mouse LncRNA芯片检测细胞因子处理与否的小鼠胰岛β细胞株---MIN6细胞（各3例）中lncRNA及mRNA表达变化，结果显示两组之间有大量差异表达的lncRNA和mRNA。
接着作者挑选了组间差异最明显的4个lncRNA分子进行了低通量PCR验证，发现与芯片结果一致，这4个lncRNA在细胞因子处理组处于明显上调的趋势。为了验证在这些lncRNA分子在体内是否同样受到细胞因子的调控，作者利用C57BL/6N小鼠模型开展了研究，发现这4个lncRNA在细胞因子处理组同样是上调趋势。
对于MYCLos的功能研究，体内外功能实验显示在低剂量IL-1β 或 TNF-α刺激下，这些lncRNAs能够显著促进细胞凋亡。有趣的是，只过表达lncRNAs或只在低剂量IL-1β（或TNF-α）刺激下并不会对细胞凋亡产生影响，这预示着二者协同促进细胞凋亡。
作者接下来对机制做了初步，发现目标lncRNA是过促进NF-κB入核而细胞凋亡，从而加速疾病进程。
技术路线
结果展示
A：聚类图显示芯片检测到的lncRNA
B：火山图：红色代表差异倍数≥1.5，p≤0.05的lncRNA
C：作者用来研究lncRNA的相关信息
研究意义
该研究揭示了lncRNA在Ⅰ型糖尿病发病进程中的功能和初步分子机制。在该研究中，研究人员首先通过芯片筛选发现细胞因子会引起lncRNA的差异表达，进而锁定4个差异最显著的lncRNA分子，命名为lncRNA-1, -2, -3和-4（统称lncRNAs）。接着低通量PCR检测发现：在细胞模型和小鼠模型中，细胞因子会显著促进这4个lncRNA分子的表达。体内外功能实验发现这些lncRNAs协同低剂量细胞因子共同促进细胞凋亡；进一步机制研究发现：目标lncRNA是过促进NF-κB入核而细胞凋亡，从而加速疾病进程。该研究内容对于揭示Ⅰ型糖尿病的发病机制具有重要的科学意义和临床价值，并为Ⅰ型糖尿病的治疗提供了潜在的治疗靶点。
原文出处
Involvement of long non-coding RNAs in beta cell failure at the onset of type 1 diabetes in NOD mice. Diabetologia. 2015, 10.1007.
