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单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
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NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
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基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
同济大学附属上海第十医院院长秦环龙教授主要从事胃肠道肿瘤、肠内外营养和肠道微生物的基础与临床研究，近期，其实验室应用Arraystar LncRNA芯片研究发现了一种能调控结直肠癌发展进程的新lncRNA分子——CCAL。CCAL能够跟AP-2α结合，抑制该蛋白活性，从而激活Wnt/β-catenin信号通路，最终促进结直肠癌的发展进程。该研究成果于2015年刊登在国际胃肠病学顶级期刊Gut（影响因子14.66）上。（芯片实验由康成生物提供技术服务）
研究背景
结直肠癌（CRC）是常见的恶性肿瘤，90%的早期CRC病人可以通过手术治愈，然而，很多CRC病人诊断出来已是晚期，而且预后很差。化疗常用来治疗晚期CRC病人，但由于缺少预测指标，效果并不令人满意。近几年对CRC的研究虽然已经有了显著进展，但是对CRC致癌的分子机制仍不清楚。lncRNA是一类长度超过200nt的非编码RNA分子。许多研究证明lncRNA可以与癌症相关基因相互作用，在多种肿瘤的发展进程中发挥重要功能。秦环龙教授课题组本次研究的目的在于揭示lncRNA在结直肠癌发生发展过程中的作用。
研究思路
为了探究LncRNA在结直肠癌发生发展过程中的潜在作用，本次研究应用美国Arraystar Human LncRNA芯片筛选正常结肠癌组织、结直肠腺瘤和结直肠癌中差异表达的lncRNA。其中lncRNA-CCAL在这三种组织中表达量不断升高。之后在252例临床样本中进行CCAL表达丰度的qPCR检测，并通过Cox回归等统计学分析方法研究其临床相关性。发现CCAL的高表达与肿瘤转移、预后不良显著相关并且可以用来预测癌症分期。
对该lncRNA进行CNC共表达分析，结果表明它与细胞分化、增殖、凋亡和药物抵抗基因密切相关，因此选作重点研究的对象。体外细胞实验和体内裸鼠实验发现，CCAL可以促进细胞增殖、抑制细胞凋亡并调控细胞周期、促进肿瘤的转移和侵袭，证明CCAL是具有重要生物学功能的lncRNA分子。接下来对LncRNA CCAL的上游调控机制进行研究，通过Luciferase实验发现CCAL的promoter区域组蛋白H3甲基化和去乙酰化促进CCAL的表达。
在CCAL的作用机制研究部分，作者通过RNA pull down、EMSA凝胶迁移实验发现CCAL可以和AP-2α蛋白结合，导致AP-2α蛋白下调；用IP发现AP-2α, APC和β-catenin形成复合物，从而激活Wnt/β-catenin通路，导致β-catenin, c-myc, cyclin D1 和E-cadherin等通路基因表达变化。多药物抵抗MDR是化疗的一个主要障碍，利用药物抵抗细胞系LoVo/5-FU研究发现，CCAL通过激活Wnt通路来调控多药物抵抗相关基因MDR1/P-glycoprotein的表达。
技术路线
结果展示
上图：A：芯片检测中CCAL在恶性、良性肿瘤和正常组织的表达量不断降低；B：qRT-PCR验证中CCAL在恶性、良性肿瘤和正常组织的表达量不断降低，与芯片验证结果相符。
中图：对结直肠癌样品的芯片数据作CNC分析，证明CCAL（ASLNC14812）和1个lncRNA和11个蛋白编码基因表达具有相关性。
下图：C：K-M曲线显示，CCAL高表达与结直肠癌预后不良显著相关；D：CCK8检测细胞增殖，转染后不同时间点不同处理组比较发现，CCAL显著促进细胞增殖。
研究意义
该研究揭示了lncRNA CCAL和Wnt/β-catenin信号通路之间的关系。LncRNA-CCAL通过结合并抑制AP-2α来激活Wnt/β-catenin信号通路，影响肿瘤细胞的增殖、迁移侵袭、凋亡和血管生成，Wnt/β-catenin通路可进一步促进化疗多药物抵抗相关基因MDR1/P-gp的表达量上升，从而影响化疗的多药物抵抗。同时，大量结直肠癌的临床标本研究表明，CCAL的高表达与结直肠癌的预后不良显著相关，为结直肠癌的治疗提供了潜在的靶点和预后生物标记物。
