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单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
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NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
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基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
第二军医大学孙树汉教授课题组长期致力于肝癌的研究。其课题组使用Arraystar LncRNA芯片研究肝癌，取得了丰硕成果，已连续发表六篇文章，文章先后刊发于Hepatology, Molecular Cell等顶级国际期刊。近期，其课题组应用Arraystar LncRNA芯片发现了能促进肝癌肿瘤侵袭和转移的新lncRNA分子——lncRNA-ATB，该研究成果刊登在国际顶级杂志Cancer Cell（影响因子24.755）（LncRNA芯片均由康成提供技术服务）。
研究背景
TGF-b是一个多功能的细胞因子，能够促进细胞增殖、迁移和侵袭，在肿瘤的发生和发展中发挥重要作用。TGF-b诱导的上皮间质转化（EMT）对于肿瘤细胞转移至关重要。近来的研究发现，lncRNA在多种肿瘤中异常表达并且能够调控肿瘤细胞增殖、凋亡、迁移和转移。但是lncRNA在TGF-b信号通路中的作用尚不清楚。孙树汉教授课题组本次研究目的在于揭示受TGF-b调控的lncRNA在肝癌的侵袭和转移中的作用。
研究思路
TGF-b能够诱导EMT，而miR-200家族（miR-200s）能够通过作用于靶基因ZEB1/ZEB2抑制EMT。作者应用美国Arraystar LncRNA芯片检测TGF-b处理和未处理的肝癌细胞（各3例）的lncRNA表达水平变化。利用新近报道的ceRNA（内源竞争性RNA）机制，筛选包含miR-200s靶位点的lncRNA。lncRNA-ATB经TGF-b诱导后表达水平显著升高，并且含有3个miR-200s靶位点，因此选定lncRNA-ATB作为研究对象进行深入研究。
作者通过RIP和RNA-pull down证明lncRNA-ATB与miR-200s相互结合，并且lncRNA-ATB能够提高ZEB1/ZEB2的水平。通过体外细胞实验，lncRNA-ATB能够促进肝癌细胞的上皮间质转化和侵袭。
作者进一步通过体内实验验证lncRNA-ATB的功能。在裸鼠模型实验中，lncRNA-ATB能够促进肿瘤细胞侵袭，该功能受到miR-200s调控。RIP实验发现lncRNA-ATB结合IL-11的mRNA。并且lncRNA-ATB能够增加IL-11稳定性。在裸鼠模型实验中，lncRNA-ATB通过激活IL-11/STAT3信号通路，促进肿瘤细胞定植（tumor colonization）。
作者通过大量肝癌组织样本研究lncRNA-ATB与肝癌的临床关系。lncRNA-ATB在肝癌组织中的表达水平高于癌旁组织，并且lncRNA-ATB在转移性肿瘤组织中的表达水平显著高于原发性肿瘤组织。K-M曲线显示，lncRNA-ATB高表达的肝癌患者预后较差，可以作为潜在的预后生物标记物。
技术路线
结果展示
聚类分析：TGF-b处理和未处理的肝癌细胞中lncRNA和mRNA的表达（左图）。
ceRNA分析：lncRNA-ATB含有多个miR-200s结合位点（右图）。
qPCR结果显示：在4种肝癌细胞中，lncRNA-ATB的水平随TGF-b的刺激而升高。
研究意义
该研究首次揭示了lncRNA与TGF-b信号通路的关系，TGF-b显著促进lncRNA-ATB的表达。lncRNA内源竞争性结合miR-200s，增加ZEB1/ZEB2水平，促进EMT和肿瘤细胞侵袭；lncRNA-ATB结合IL11，增加IL11稳定性，激活STAT3信号通路，从而促进肿瘤细胞定植。本文将lncRNA与经典肿瘤相关信号通路相联系，并揭示lncRNA-ATB在肝癌转移过程中的重要作用，提供了肝癌治疗的潜在靶点和预后生物标记物。
原文出处
A Long Noncoding RNA Activated by TGF-b Promotes the Invasion-Metastasis Cascade in Hepatocellular Carcinoma. Cancer Cell. 2014
