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单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
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NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
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基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
南京医科大学公共卫生学院王建明教授课题组从事circRNA表观遗传调控网络、食管等癌症分子流行病学的研究。近期其实验室用Arraystar CircRNA芯片研究乳腺癌组织中circRNA表达谱，发现有1155个差异表达circRNA，715个circRNA上调，440个circRNA下调。通过qPCR验证发现 hsa_ circ_103110，hsa_circ_104689 和hsa_circ_104821在乳腺癌中上调， hsa_circ_006054，hsa_circ_100219和hsa_circ_406697在乳腺癌中下调。联合应用3个下调的circRNA分子作为Biomarker时，用于区分乳腺癌的AUC=0.82 （95% CI: 0.73-0.90）。机制研究发现，差异表达的circRNA分子可以通过吸附miRNA，参与乳腺癌发生发展。该研究成果刊登在国际期刊Oncotarget（IF:5.168）上。（芯片实验由康成生物提供技术服务）
研究背景
乳腺癌发病非常普遍并且是女性癌症致死首要疾病。据统计，2012年全世界有170万乳腺癌患者，并有521,900人死于乳腺癌。流行病学研究发现，肥胖、高龄产妇、使用雌激素和孕酮，缺乏运动和酗酒等影响增大了乳腺癌发病风险。这些因素对于治疗后的预后也有影响。在乳腺癌发病中，遗传和表观遗传因素都起作用。近几年的研究发现，lncRNA、microRNA、circRNA等在癌症发生发展中起重要作用。其中circRNA可以通过海绵作用吸附microRNA，在斑马鱼脑发育中起调控作用。在结肠、基底细胞和膀胱癌中都发现circRNA的异常表达，乳腺癌中也有相关报道，但是缺乏实验和临床证据。Nair采用Circ-seq的方法发现circRNA可以作为乳腺癌增殖的生物标志物，可以区分乳腺癌的不同亚型。Galasso采用生物信息预测工具发现circRNA在乳腺癌中的预测价值，但是检测到类群比较少。王建明老师课题组的研究采用分子流行病学，在中国人群中建立circRNA表达谱，鉴定人乳腺癌发病中异常表达的circRNA。
研究思路
为了研究circRNA在乳腺癌中的表达及作用。本次研究应用美国Arraystar Human CircRNA芯片筛选4对侵袭性导管乳腺癌中差异表达的circRNA。高通量筛选之后，研究者募集了51名乳腺癌病人进行验证。患者平均年龄46.5岁（18-79）。在4组配对样本中，设定筛选标准为差异倍数>2倍，P value<0.05，发现病变组和正常组相比，有715个circRNA显著上调，440个circRNA显著下调。考虑到多重比对可能引起假阳性，数据筛选时设定了FDR校正，16个circRNA显著上调，5个circRNA显著下调。后期采用qRT-PCR验证芯片结果。验证采用的数据筛选指标为：（1）长度200-3000bp；（2）倍数改变≥2；（3）P值＜0.01；（4）原始强度＞200；（5）外显子类型的circRNA；（6）保守的。其中有6个分子经过验证，并且进一步用于评估这6个分子的诊断价值。
技术路线
结果展示
图一：CircRNA表达聚类图。颜色按照绿色（低强度） ，黑色（中强度），红色（高强度）标注。火山图展示乳腺癌和临近的正常外形的组织circRNA表达差异。垂直的绿色线条代表上调和下调2倍，水平绿色线条代表P值＜0.05。
图二：用qRT-PCR验证乳腺癌和临近的正常外形的组织。散点代表乳腺癌（C）和临近正常外形组织（N），参考线上方的标记代表下调的circRNA。
图三：区分乳腺癌的circRNA生存曲线。AUC：曲线面积；circRNA组合：has_circ_006054, has_circ_100219和has_circ_406697。
研究意义
本研究用Arraystar Human CircRNA芯片对乳腺癌中circRNA进行高通量挖掘和筛选。该研究揭示了乳腺癌和临近正常外形组织中的circRNA表达谱，发现has_circRNA_104689、 has_circ_104821和 has_circ_100219显著上调，has_circRNA_005054、has_circ_406697和has_circ_100219显著下调。这些CircRNA可通过吸附microRNA参与癌症相关信号通路，参与乳腺癌发生。
论文链接
Identification of circular RNAs as a promising new class of diagnostic biomarkers for human breast cancer.
