|
单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
|
生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
|
RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
|
NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
|
NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
|
基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
|
NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
|
Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
北京大学附属第三医院敖英芳教授主要从事膝关节损伤治疗、关节镜下微创治疗。近期其实验室用Arraystar CircRNA芯片研究发现了一种能调控关节炎的新CircRNA分子CircRNA-CER。CircRNA-CER可以被IL-1和TNFa诱导表达上调，进一步下游分子筛选实验表明，CircRNA-CER可以通过内源性竞争miR-136来调控MMP13的表达，并参与到软骨细胞ECM损伤的过程当中。CircRNA-CER可能是OA治疗中的一个很有潜力的靶点。该研究成果刊登在国际顶级期刊Nature子刊Scientific Reports（影响因子5.228）上。（芯片实验由康成提供技术服务）
研究背景
骨关节炎（OA）是一种由于软骨降解，骨质增厚，骨刺形成而引起的退行性关节病。在OA中软骨细胞的死亡将会导致软骨胞质的降低，软骨细胞是通过细胞因子和生长因子刺激进行代谢和异常的分化，最终将会导致ECM降解。CircRNA是一类广泛存在于细胞质中的非编码RNA。这类内源性的RNA具有稳定的结构和很高的组织特异性表达。许多研究证明CircRNA可以与骨关节炎相关基因相互作用，在多种骨关节炎的发展进程中起到重要作用。敖英芳教授课题组本次研究的目的在于揭示CircRNA在骨关节炎中的作用，探讨ECM相关的CricRNA在软骨中的功能。
研究思路
为了研究CircRNA在骨关节炎中的作用，探讨ECM相关的CircRNA在软骨中的功能。本次研究应用美国Arraystar Human CircRNA芯片和表达谱芯片筛选骨关节炎软骨和正常软骨中差异表达的CircRNA。发现71个circRNA在骨关节炎和正常软骨中差异表达，其中16个CircRNA表达上调，55个CircRNA表达下调。用qRT-PCR验证芯片结果。生物信息学用来预测circRNA和mRNA在软骨中相互作用。其中发现circRNA-CER在网络中起到重要作用。CircRNA-CER的Loss of function和Rescue实验在体外进行。应用siRNA沉默CircRNA-CER将会抑制MMP13的表达并且增强ECM的表达。我们推测CircRNA-CER在OA治疗过程中作为潜在的靶点。
技术路线
结果展示
图注：A、骨关节炎和正常软骨的CircRNA层次聚类分析图，B、用qPCR验证CircRNA-CER在骨关节炎中表达升高，与芯片实验结果相符。C、CircRNA-miRNA-mRNA的网络调控图。D和E证实CircRNA-CER通过竞争性结合miR-136调控MMP13的表达，在软骨细胞的ECM降解过程中起到重要作用。
研究意义
本研究用Arraystar Human CircRNA芯片对骨关节炎中CircRNA的功能研究。该研究揭示了CircRNA在骨关节炎的基因表达调控中起到重要的的作用。CircRNA-CER作为miRNA sponge竞争性结合miR136，从而上调MMP-13的表达。揭示CircRNA在OA中的功能的精确分子机制将为我们研究OA的病理形成和探索新的治疗靶点。
原文出处
Circular RNA Related to the Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136 'Sponge' in Human Cartilage Degradation. Sci Rep. 2016.
