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单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
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NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
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基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
南方医科大学南方医院风湿免疫科杨敏教授主要从事类风湿关节炎的发病机制研究。近期，该课题组借助美国Arraystar circRNA芯片分析了风湿关节炎病人的circRNA表达情况，筛选到具有诊断类风湿关节炎的潜在生物标志物，该研究具有重要的临床意义，为后续研究circRNA在类风湿关节炎中的分子机制奠定了基础。该研究成果于2017年发表在国际著名学术期刊Cellular Physiology and Biochemistry (影响因子5.104)上。（芯片实验由康成生物提供技术服务）
研究背景
类风湿关节炎（RA）是由自身免疫系统引起的一种慢性疾病，经常伴随有全身性炎症反应和关节损伤并导致终身残疾，进而提高死亡率。如果能够及时诊断并给予合适的治疗，就可以很大程度上缓解病人临床症状。前期报道，环状RNA（circRNA）是一类重要的基因调控分子，并且它的异常表达和多种疾病的发生高度相关。但是，研究人员对于类风湿关节炎患者中circRNA的表达和调控情况的了解是少之又少。因此，本研究的目的是检测circRNA是否可以作为类风湿关节炎疾病诊断的潜在生物标志物，从而挖掘疾病发生的分子机制和相应的治疗策略。
研究思路
为了探究circRNA在类风湿关节炎疾病中的表达情况，该课题组借助美国Arraystar公司的Human circRNA array检测了5对类风湿关节炎患者和健康对照组中circRNA的表达差异。芯片总共筛选到12个差异表达的circRNA，其中9个circRNA的表达是上调（Fold Change>1.5，P<0.05）。为了验证芯片结果的准确性，作者挑选了10个差异表达的circRNA（8个上调和2个下调）进行扩大样本验证。结果发现，其中5个circRNA的qPCR验证结果和芯片结果是符合的。
为了评价差异表达的circRNA在类风湿关节炎诊断中的生物学意义，作者对于验证相符的5个circRNA绘制ROC曲线进行临床分析。ROC曲线显示其中4个circRNA的表达水平可以很好的区分疾病组和正常组，而这4个circRNA分别是circRNA_104871、circRNA_003524、circRNA_101873和circRNA_103047，并且circRNA_104871的线下面积（AUC）最大（0.833）。因此，circRNA_10487可能是一个很好的可以用于类风湿关节炎诊断的生物标志物。
技术路线
结果展示
图一 芯片检测结果展示图
A图是散点图，B图是火山图，C图是聚类图
图二 qRT-PCR验证结果(n=55)
图三：ROC分析结果展示
研究意义
本研究借助美国Arraystar circRNA microarray在类风湿关节炎患者样本中筛选到差异表达的circRNA，并且通过大样本qPCR验证和临床分析发现circRNA_104871具有进行类风湿关节炎作为生物标志物诊断的潜力。本文的研究成果为类风湿关节炎的诊断治疗和发病机制的研究提供了重要线索。
原文出处
Microarray Expression Profile of Circular RNAs in Peripheral Blood Mononuclear Cells from Rheumatoid Arthritis Patients. Cellular Physiology and Biochemistry. 2017.
https://www.karger.com/Article/Abstract/477883
